主要包括病因治療，輔以免疫治療和對癥支持治療。
1.抗病毒化學藥物治療
（1）無環鳥苷連用14～21天。副作用有：譫妄、震顫、皮疹、血尿、血清轉氨酶暫時性升高等。
（2）剛昔洛韋靜脈滴注，療程為10～14天。抗HSV的療效是阿昔洛為韋的25～100倍。
2.免疫治療
（1）干擾素及其誘生劑α干擾素治療，肌肉注射。
（2）轉移因子皮下注射。
（3）腎上腺皮質激素對病情危重，CT示出血性壞死灶，以及腦脊液白細胞和紅細胞明顯增多者可酌情使用，用地塞米松加糖鹽水靜脈滴注；對臨床病情較輕，MRI顯示腦室周圍白質有散在分布的點狀脫髓鞘病灶，提示存在病毒引起的變態反應性損害，主張大劑量激素沖擊治療，常獲得滿意療效，用甲基強的松龍加入糖鹽水中靜脈滴注，隨后改用強的松口服。
3.全身支持治療
對危重病人及昏迷患者至關重要，注意維持營養及水電解質的平衡，保持呼吸道暢通。必要時可小量輸血，或給于靜脈高營養或復方氨基酸，或大劑量免疫球蛋白靜脈滴注，預防壓瘡和呼吸道感染等并發癥。
4.對癥治療
對高熱的病人進行物理降溫，以及抗驚厥鎮靜和脫水降顱壓等，嚴重腦水腫的病人應早期大量及短程給于腎上腺皮質激素。恢復期可進行康復治療。