治療包括抗病毒治療、對癥治療及全身治療。抗病毒治療使其療效明顯提高，并大大降低其死亡率和并發癥發生率。阿昔洛韋(無環鳥苷)是治療單純皰疹腦炎的首選藥，其特點是對正常細胞無毒，選擇性抑制單純皰疹病毒特殊的DNA聚合酶，治療愈早，可防止病毒復制造成的細胞損害。所以臨床只要考慮單純皰疹病毒腦炎，就應馬上應用阿昔洛韋(無環鳥苷)，10mg/kg，1次/8h，每次需滴注1h，應維持10天，以后改為口服維持。除此外還應積極支持對癥治療，退熱、降低顱內壓、控制癲癇發作，維持水鹽電解質平衡。
腦炎的中醫治療也應辨證施治，急性期，衛氣同病者應辛涼解表，清氣泄熱；邪在氣分則清氣解毒，泄熱生津；氣營兩燔則應氣營兩清，泄熱醒熱。