1.實驗室檢查
（1）血常規與生化檢查
活動期病例血紅蛋白減少，白細胞、血小板計數和C反應蛋白增多，紅細胞沉降率加快，血清清蛋白可有不同程度的減少。
（2）糞便檢查
有利于確定腸道炎癥的程度，并排除各種感染性（細菌及寄生蟲）腸病，使用抗生素者應進行難辨梭菌檢查，以排除假膜性腸炎。
（3）血清標志物檢查
核周型抗中性粒細胞胞質抗體（p-ANCA）及抗釀酒酵母菌抗體（ASCA）有助于鑒別炎癥性腸病類型。
（4）病毒學檢查
IBD患者更易感染腸道侵襲性的病毒如巨細胞病毒（CMV）、EB病毒等。臨床需要排除病毒感染導致的腸道炎癥性病變。
2.影像學檢查
X線鋇劑對比檢查可了解病變的部位，是否主要累及結腸，可發現黏膜粗亂、顆粒樣變、龕影或充盈缺損、腸管縮短、袋囊消失。腹部CT或磁共振成像檢查對腸壁增厚、腫脹或并發癥診斷很有價值，腹部三維薄層掃描更有助于發現腸管的細微變化。
3.結腸鏡檢查
對此病診斷有決定性意義，鏡下所見介于潰瘍性結腸炎和克羅恩病之間，黏膜呈彌漫性或節段性充血、水腫、易脆出血、糜爛和潰瘍，潰瘍的數目和形態各異，為與潰瘍性結腸炎相似之處。
