1.一般處理
單純性腎囊腫多無癥狀，對腎臟功能和周圍組織影響不大，一般不需治療，只要每半年到1年隨診。
2.抗生素治療及穿刺引流
當繼發感染時，鑒于抗生素能穿透囊壁，進入囊腔，可首先采用抗生素治療和超聲引導下穿刺引流。失敗無效時再考慮開放手術。若證實囊腫有癌變或伴發腎癌，應盡早手術治療。
3.穿刺和硬化劑治療
如果囊腫直徑較大，超過5cm或產生周圍組織壓迫癥狀、引起尿路梗阻，則需要行囊液抽吸術并囊內注射硬化劑。常用的硬化劑有無水酒精和氟聚硅醇，后者比前者安全。
4.手術治療
當上述處理無效，癥狀或囊腫感染明顯時，可行囊腫去除術或腎部分切除術。如因囊腫導致患腎嚴重感染，腎功能已嚴重受損而對側腎功能正常時，可作腎切除術。