參照1992年中華醫學會呼吸病分會制訂的診斷標準如下：
①臨床表現 發熱、寒戰、咳嗽、胸痛等呼吸道感染癥狀；
②X線胸片 具有浸潤性陰影或胸腔積液；
③呼吸道分泌物、痰、血或胸水 在活性炭酵母浸液瓊脂培養基或其他特殊培養基培養有軍團菌生長；
④呼吸道分泌物直接熒光法檢查陽性；
⑤血間接熒光法 查前后2次抗體滴度呈4倍或以上增高，達1：128或以上；血試管凝集試驗：測前后2次抗體滴度呈4倍或以上增高，達1：160或以上；微量凝集試驗：測前后2次抗體滴度呈4倍或以上增高，達1：64或以上。凡具有①②項，同時具有③④⑤項中任何一項者，診斷為軍團菌肺炎。
根據臨床表現可初步診斷為可疑患者。現已證實人群中不存在帶菌狀態，故一旦通過病原學檢查從可疑患者體內分離出該菌即可確定診斷。