1、攝入量不足：胎兒可通過胎盤獲得維生素B12，當嬰兒肝內的維生素B12貯存量過低而攝入不足，特別是乳母由于長期素食或患有可致維生素B12吸收障礙的疾病，使其乳汗中維生素B12的含量極少時，即容易發生營養性巨幼紅細胞性貧血。因長期偏食，僅進食植物性食物所致的維生素B12缺乏可見于年長兒和成人。
2、吸收和運輸障礙：食物中的維生素B12進入胃內后，必須先與由胃底部壁細胞分泌的糖蛋白（內因子）結合成B12-糖蛋白復合物，然后經由末端回腸粘膜吸收，進入血循環與轉鈷蛋白事，運送到肝內貯存。任一上述五一節中的異常均可引起維生素B12缺乏和巨幼紅細胞性貧血。
3、需要量增加：新生兒、未成熟兒和嬰兒因生長發育較快，維生素B12的需要量也相應增加，攝入量不足時即遭致病。嚴重感染時因維生素B12的消耗量增加，如攝入量不敷所需亦可導致發病。缺乏維生素B12所致的小兒巨幼紅細胞性貧血的診斷據貧血表現，并在外周血和骨髓中發現上述巨幼紅細胞，即可診斷為巨幼紅細胞性貧血。在此基礎上，如患兒有喂養不當史，特別是單純母乳喂養的嬰兒，且其母有長期素食史，加上患兒有明顯的精神神經癥狀，即可考慮為缺乏維生素B12所致的巨幼紅細胞性貧血。可通過測定血清維生素B12含量進一步確診；如<100ng/L，加之維生素B12治療有效。即可確定診斷。營養性巨幼紅細胞性貧血的精神神經癥狀十分突出，需與大腦發育不全相鑒別。后者先天性疾病和產傷有關，出生后即逐漸出現精神和神經發育落后癥候，結合血液學檢查，可資鑒別。