關于皰疹樣皮炎的發病原因，目前尚未有定論，大多數學者認為該病與患者免疫異常及小腸病變有關。
1.免疫異常
在患者的皮損和正常皮膚真皮層有免疫物質IgA沉積，在熒光顯微鏡下可見到它們呈顆粒狀。另外，大約70%的患者血中可以找到特殊的抗體及免疫復合物。這些均提示皰疹樣皮炎與患者自身免疫異常有關。
2.小腸病變
多數患者有小腸病變，大多數患者無消化道癥狀，僅有20%～30%患者有腹脹、腹瀉和吸收不良，大便常規檢查示較多脂肪小顆粒，說明患者腸道功能異常。如果患者食用含谷膠（俗稱面筋，又名麥膠）的食物，如小麥、大麥、燕麥、黑麥，患者皮膚癥狀及腸功能異常加重，這說明皰疹樣皮炎患者存在對谷膠的敏感性。