3月初，上海市民發現，黃浦江上不斷漂來死豬，金山、松江水域正在被越來越多的豬的浮尸占據，而上海市自來水廠的取水口就在不遠處。3月 8日起，上海市成立了專門的打撈小組，在黃浦江上開始拉網式搜索。當晚起，上海市水務局要求水廠將6種常見豬病可能攜帶的病毒、5種細菌補充入下階段的水質監測指標，作為水廠消毒措施的主要針對指標。
上海方面很快對外透露，根據打在豬耳朵上的耳標顯示，這些死豬來自嘉興。
與此同時，《嘉興日報》于3月5日發表的一篇報道也被重新放到了網絡上。這篇報道指出，嘉興新豐鎮竹林村1月死豬大約1萬頭，2月約8000頭。這兩個線索，很快就被聯系了起來，并將矛頭直接指向了新豐鎮竹林村。
上海市農委3月11日披露，上海市動物疫病預防控制中心實驗室從死豬內臟樣品中，檢測出豬圓環病毒，該病毒為已知最小的動物病毒之一，對各個年齡段的豬均有較強的易感性。而令人沮喪的是，此病無有效的治療方法，感染病毒后的豬，病死率很高。
3月11日，浙江省農業廳畜牧獸醫局顧姓處長在接受采訪時，表示“死豬多為凍死，目前浙江無豬瘟”。
3月12日，浙江嘉興市委宣傳部召開媒體見面會，仍然堅稱“目前正在積極協助調查，不排除死豬來自嘉興，當地生豬養殖沒有發生豬瘟”。而嘉興畜牧局蔣姓副局長則發聲：“耳標只能認定豬的出生地，而無法認定就是成長地。”
據相關媒體報道，目前打撈死豬數量已達10395具。這個數字足夠讓飲用黃浦江水的上海人感到驚駭。飲水安全由此也成為上海的頭號話題。
據嘉興在線3月15日報道，農業部國家首席獸醫師于康震率農業部督查組抵達浙江嘉興，檢查指導漂浮死豬事件的處理工作。截至18日下午3時，上海累計打撈死豬共達到9795頭。嘉興市立即成立了由公安、畜牧、環保等單位組成的專項調查組對上海提供的17樣耳標即使進行協查追溯，除去4個耳標信息缺失外，對查明的8名養殖戶給予3000元以下的處罰。
嘉興市南湖區新豐鎮是當地著名的“養豬鎮”，據此前媒體報道，這里或是“漂浮死豬”的來源地之一。新豐鎮的永豐村和竹林村集中了大量養豬專業戶。新豐鎮鎮長沈云明說，約有80%的農戶從事養豬，這也是嘉興規模最大的種豬養殖基地之一。養豬，是當地最大的收入來源，“占到了農民經濟收入的50% 左右。”新豐鎮鎮長沈云明說。
新豐鎮水網交錯，水系匯入嘉興塘和乍浦塘，又輾轉成兩個主要水系，其中一條流向上海松江水域。沈云明計劃在該鎮建立一個無害化處理中心，從死豬身上提取原料，可以用作肥料，也能制作肥皂，新豐鎮在經歷了30多年的“養豬業”發展后，環境面臨巨大壓力，養豬的密度已經超出了土地的承載力。