除臨床表現外，考慮克羅恩病應作x線鋇餐檢查，如顯示回腸末段腸腔狹窄、管壁僵硬，粘膜皺襞消失，呈線樣征等。潰瘍性結腸炎則x線鋇灌腸和纖維結腸鏡檢查最有價值，但嚴重急性發作期進行檢查應慎防并發結腸穿孔。 克羅恩病有時與腸結核頗難鑒別；如病變僅限于結腸者，則需與潰瘍性結腸炎鑒別。潰瘍性結腸炎則主要應與慢性細菌性或阿米巴痢疾、克羅恩病、結腸癌等病鑒別。 少數克羅恩病病人發病較急或在急性階段，易誤診為急性闌尾炎。但是急性闌尾炎一般以往無低熱、腹瀉病史，右下腹壓痛較局限、固定．白細胞計數增加較顯著。
