1.女性不孕：占子宮內膜異位癥的40%-50%。內異癥可使盆腔粘連、輸卵管堅硬甚至梗阻、激素的代謝功能異常及免疫功能異常，導致孕卵逆行與子宮內膜不同步，或使孕卵本身逆行受阻而發生不孕。
2.月經失調：受異位的子宮內膜侵犯，卵巢實質組織被破壞，使激素代謝受影響，出現月經紊亂和經期陰道流血增多，個別還會出現經前期點滴出血。
3.性交疼痛：異位的子宮內膜使周圍組織腫脹，當性交時由于受陰莖抽動的影響，引起疼痛，以月經前期較為明顯。
4.卵巢腫瘤：卵巢是異位的子宮內膜最愛“居住”的場所，每當月經來潮，經血總會在卵巢存留，而且會越存越多，慢慢地包塊就不知不覺地形成了，
5.異位妊娠(宮外孕)：異位的子宮內膜可以引起盆腔粘連，輸卵管運行障礙，受精卵只有在局部種植發育，導致異位妊娠的概率增加。