巨球蛋白血癥所致的腎損害主要是由于下列原因：腎臟淋巴樣細胞浸潤、高黏滯血癥、淀粉樣變性、免疫介導的腎小球腎炎，主要是IgM在腎組織中沉積。
1.細胞表面標記的變異
細胞表面標記研究提示WM患者在B細胞分化早期階段出現異常，與多發性骨髓瘤患者出現漿細胞異常有區別。WM細胞表達正常B細胞所有表面抗原（CD19、CD20和CD24），但大約75%的WM患者只表達一種輕鏈（κ鏈）與正常B細胞不同的是WM中B細胞常表達CD9、CD10（CALLA）和CD11b，并可能表達CD5。WM中的淋巴細胞、漿細胞和漿細胞樣淋巴細胞均來源于同一克隆，但其成熟程度不同，且發現其B細胞在不同的分化階段表達CD45同分異構體是不均一的。
2.染色體異常
WM常見細胞染色體異常，但目前尚未掃描出特異性異常。