與繼發性免疫缺陷病鑒別。SID與原發性免疫缺陷病(PID)的重要區別在于：
1.PID幾乎都是特定的單基因缺失 導致相應的免疫活性細胞或免疫分子受損，表現出這種功能的完全缺失，且為不可逆的改變；而SID常為免疫系統多環節受損，但受損程度較PID輕，僅為部分功能受損，表現為免疫功能低下(immunocompromise)。
2.PID系關鍵位基因突變 除非免疫重建，否則其免疫功能缺陷將為終身性，SID為后天環境因素致免疫功能缺陷，雖也能影響基因表達，但僅系基因不完全性表達障礙，去除不利因素之后，免疫功能將可能恢復正常。