首先必須區分先天性亦或是繼發性,特別是將前者與病毒相關性噬血細胞綜合征相區分。其次必須嚴格除外腫瘤相關性噬血細胞綜合征。由于本病具有階段性,早期患者可不表現出所有特征,導致早期診斷困難,可多次復查骨髓或是反復進行相關檢查可有利于早期診斷。