奧美拉唑在小腸吸收，通常在3-6小時內被完全吸收。
反復給藥后的生物利用度約為60%，同時攝入食物對其生物利用度無影響，奧美拉唑的血漿蛋白結合率為95%。
奧美拉唑主要是在肝內完全代謝，其代謝產物是砜、硫化物和羥基奧美拉唑，這些產物對胃酸分泌無明顯作用，奧美拉唑血漿濃度，時間曲線的消除相的平均半衰期大約為40分鐘(30-90分鐘)，并且在治療期間無變化，大約80%的代謝物從尿中排出，其余從糞便排出。
