主要為周圍神經炎、肝功能損害，偶爾可有癲癇發作，一般情況下注意觀察即可。若有四 肢遠端麻木或燒灼感等神經癥狀出現，應加服維生素B6每日30~60毫克以改善癥狀。服異煙肼期間應定期查肝功能，至少三個月一次，以了解肝功能狀況。若有轉氨酶升高，要在護肝治療的同時給予降酶中成藥如五味子制劑等，單純轉氨酶升高無需停藥。
在使用藥物過程中應與醫生密切配合及時反映情況，按照醫生的意見對發生的副反應予以及時有效的處理，保證完成治療，達到治愈。抗結核藥物的副反應分為兩大類：（1）藥物過敏反應如藥熱，藥疹等，嚴重者如有極少數病人對鏈霉素可產生過敏性休克。（2）藥物毒性反應：鏈霉素、卡那霉素、紫霉素及卷須霉素對聽力、前庭功能和腎臟有一定的毒性。異煙肼、利福平、乙（丙）硫異煙胺、氨硫脲、吡嗪酰胺、對氨抑酸對肝臟有一定的毒性。乙（丙）硫異煙胺，對氨抑酸可引起胃腸反應。硫胺脲可引起白血球減少及溶血性貧血。吡嗪酰胺可引起關節痛。乙胺丁醇可引起視力障礙。另外利福平使用較大劑量間歇方法時可出現流感綜合癥、紫瘕、腹痛與哮喘等。應注意服利福平后，病人的尿、汗、痰、淚、大便等不可呈橙紅色。適齡婦女可能致月經不正常；服吡嗪酰胺后有的病人皮膚色可呈古銅色。