對氟西汀或其任何一種成份過敏的患者禁用。
單胺氧化酶抑制劑(MAOI)：有報道在接受選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑(SSRI)治療的患者同時合并單胺氧化酶抑制劑（MAOI），以及近期終止SSRI治療轉而開始MAOI治療的患者中出現嚴重的、有時甚至是致命的反應。氟西汀的治療必須在不可逆的MA O I停藥2周之后，可逆的MAOI-A停藥后的第二天開始。
有些病例表現出類似血液中五羥色胺綜合癥(類似神經阻滯劑惡性綜合癥的特點)。賽庚啶或丹曲林可能會對此類病人有用。合用MAOI的患者出現的反應包括：高熱、僵硬、肌陣攣、植物神經系統不穩定伴有生命體征的迅速波動、以及精神狀態的變化，包括極度的激越，可能發展為譫妄和昏迷。
因此，氟西汀不能與非選擇性的MAOI同時使用，同樣地，至少應當在停止服用氟西汀5周之后方可開始單胺氧化酶抑制劑治療。如果是長期服用氟西汀和/或服用劑量較高時，可能需要間隔更長的時間。
不推薦氟西汀與可逆的MAOI（例如，嗎氯貝胺）合并使用。氟西汀的治療可以在可逆的MAOI停藥后第二天開始。