潛伏期多數1～2個月，根據宿主的情況，臨床分為兩種類型。1．流行型：又稱經典型、嬰幼兒型。多發在早產兒、營養不良體質虛弱或先天免疫缺陷的嬰幼兒，尤其易在孤兒院或居住擁擠環境中發生流行。起病較隱襲，逐漸加重，早期有厭食、全身不適、消瘦、低熱、腹瀉，數周后出現呼吸增快、干咳、進行性呼吸困難，常伴有心動過速、鼻翼扇動、紫紺等癥狀。患兒癥狀雖重，但肺部體征相對輕微。整個病程約2周～3個月，患兒多死于呼吸衰竭。2．散發型：又稱現代型、兒童—成人型、免疫抑制型，多見于有免疫缺陷（先天或后天獲得）的兒童或成人。最常見于艾滋病患者所并發卡氏肺孢子蟲肺炎。潛伏期視原有的基礎疾病而異，常不能確定。起病急，有發熱、干咳、氣促、心動過速、鼻翼扇動、紫紺，可有胸痛，最終導致呼吸衰竭，數日內死亡。病人體溫可正常或低熱，少數在38．5℃～39℃。體格檢查肺部陽性體征少，或可聞及少量散在的干濕羅音，體征與疾病癥狀的嚴重程度往往不成比例，此為該病的典型臨床特點。X線檢查往往在起病1周以后出現雙側間質彌漫性網格狀、條索狀或斑點顆粒狀陰影，自肺門向外擴散，以后可融合成結節或云霧狀，或有空洞形成。外周血白細胞計數與原發病有關，正常或稍高，嗜酸粒細胞計數增高。血氣分析有明顯的低氧血癥，動脈血氧分壓常在60 mmHg以下，動脈血CO2分壓正常或稍低，肺泡－動脈氧分壓差增大，可有呼吸性堿中毒，晚期出現呼吸性酸中毒。肺總氣量、肺活量均減少，肺彌散功能減退。AIDS者肺功能損害更明顯。未經治療100%死于呼吸衰竭或其他感染性并發癥如CMV感染、結核病、真菌感染或弓形體病等。對于AIDS患者、惡性腫瘤接受抗癌治療或器官移植后接受免疫抑制劑治療者、未成熟兒、營養不良和衰弱嬰兒等在病程中出現無明顯原因的發熱、干咳、呼吸急促等癥狀時應考慮本病的可能，尤其病人呼吸困難癥狀明顯而體征甚少時應高度警惕本病。肺孢子蟲可經血液、淋巴液播散至淋巴結、肝、脾、骨髓、視網膜、皮膚等，但發生率較低，約3%。