PCR產物經PCR純化試劑盒純化后，可以做EcoRI和BamHI的雙酶切。酶切、純化都可以用PCR純化試劑盒完成，只有一種情況例外，PCR模板為質粒，且這個質粒和要用的載體有相同的抗性。此時需要跑一次膠來丟掉模板質粒，否則在連接產物轉化的平板上長出的菌落許多是模板質粒，而不是你所構建的質粒。PCR產物不經純化也可以直接酶切，但也很麻煩，效果可能不會很好，可能需要添加其他東西（亞精胺，限制性內切酶緩沖液，BSA等）來完成酶切。
