擴增曲線可以粗略地判斷擴增效率。SYBR Green的雙delta Ct法要求目的基因和內參的擴增效率基本一致。如果不一致，需要對公式進行修正，部分qPCR儀的配套軟件可以做到，直接輸入每對引物的擴增效率。但無論如何，保證高擴增效率是實驗成功的關鍵。
如果擴增效率一致，不同Ct的曲線顯示出來就基本是平行的位移，其傾斜程度基本一致。而如下圖一樣，一條比較“陡”，另一條比較“平”，那么意味著擴增效率不一致。有可能是引物效率不一，或者個別樣品、反應孔存在抑制PCR的污染等。
溶解曲線分析
可以用來確定不同的反應產物，包括非特異性產物。擴增反應完成后，通過逐漸增加溫度同時監測每一步的熒光信號來產生溶解曲線，隨著反應中雙鏈DNA變性，熒光染料又回復到游離狀態導致熒光信號降低，用熒光信號改變的負的一次導數與溫度作圖，在擴增產物的溶解溫度上有一特征峰，用這個特征峰就可以將特異產物與其它產物如引物二聚體區分開，因為它們在不同的溫度溶解。