高質量的酶是保證高質量結果的前提。現在市售的酶多為2 X MIX的形式。在市售酶的選用方面，我們首先應該選擇穩定、擴增效率高的酶，其次還應注意解凍后的MIX粘性不宜過大（粘性過大的MIX會導致加樣時槍頭出現掛液），最后應注意同一板qRT-PCR體系不宜用兩管MIX，即加完一管發現不夠用，繼續開一管新的MIX接著加。正確的做法應為先估算總體系，將兩管MIX預先加到一起，混勻后離心，用混勻的MIX配置體系。
