tNAS（轉錄組新可變剪接位點的發現）

本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；發現您樣品中的新可變剪接事件，揭示出的重要科學問題進行中肯分析；讓您快速“發現”所關注生物學問題，醫學問題和農業問題的答案。

我們的流程：

1.   Pretreatment（有效序列Reads提取）

l  高通量測序質量評估，獲得測序有效讀長。

l  剔除每條序列中的index序列和adaptor序列。

l  獲得有效序列總數。

2.   Mapping (全基因組定位)：讓您“看見”自己樣品中mRNA和ncRNA的分布狀態。

l  Reads mapping: total mapped, unique mapped, multiple mapped.

l  Genomic distribution of the mapped reads。包括不同基因區域分布分析：

      （1）mRNA and ncRNA region

      （2）sense and antisense region

      （3）5’UTR, CDS, 3’UTR, intron, intergenic region

3.   mRNA coverage analysis（mRNA覆蓋度分析）：讓您“看見”自己樣品中mRNA的質量和特征。

l  盒須圖分析mRNA不同區的reads coverage，以intron區作對照。

l  Reads 在均一化的mRNA上的分布圖。

4.   Expression analysis (mRNA 表達量分析)：讓您“看見”自己樣品中每個基因的表達量。

l  通過嚴格的標準化獲得您樣品中每個基因的可信表達豐度。

l  根據表達豐度對您樣品中的基因分布趨勢進行可視化。

5.   全面分析您轉錄組中的新可變剪接事件及相應的mRNA同源異形體（mRNA isoforms）：讓您快速“發現”由一個基因產生的多種可變剪接mRNA產物；“認清”它們對你所感興趣的生物學、醫學和農業問題的重要貢獻。

（1）   對流程步驟1中獲得的有效Reads進行mRNA“定位”，發現您轉錄組中所有的剪接點SJ（Splicing Junction）。

（2）   獲得已知剪接點庫和新剪接點庫。

（3）   對新剪接點和已知剪接點所歸屬的剪接方式進行分類：

l  外顯子跳躍（exon skipping）

l  互斥性外顯子（mutual exclusive exon）

l  可變5’剪接位點（alternative 5’ss）

l  可變5’外顯子（alternative first exon）

l  可變3’剪接位點（alternative 3’ss）

l  可變3’外顯子（alternative last exon）

（4）   對所有的內含子包含事件（intron retention）進行單獨分析。

（5）   對所有新剪接事件進行統計分布分析。

（6）   對新剪接事件所產生的新剪接產物進行特征分析，

（7）   對新剪接事件涉及的基因進行功能聚類分析。

6.    綜合分析。

（1）結合步驟2-5的結合，“察清”新可變剪接產物對基因表達水平及其編碼蛋白性質的潛在影響。

（2）結合您的前期研究成果和您研究領域的進展，為您提出新的科學發現。

7. 為您提供驗證新AS的實驗方案。

8.   為您提供驗證新科學發現的實驗方案。

我們的承諾：

l  提交您專業的項目結題報告。

l  一個生物學樣品分析完成時間一般為5-7個工作日，每加一個樣本增加2-3個工作日。

您需要提供的樣品：

l  如果您的RNA-seq過程不是在本公司完成，請您提供原始測序數據，樣品介紹，以及您的項目需求。

l  分析結果的可信度和深度依賴于您的測序質量和有效reads的數量。

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