第二項研究是由NIH屬下的國立綜合醫學科學研究院資助，專注研究X染色體上的基因的活性。杜克大學和賓夕法尼亞州立大學的研究人員測定了40位婦女X染色體上471個基因的活性。令人吃驚的是，結果表明每個女性的X染色體都有獨特的基因表達模式！
45年前研究人員就發現女性兩條X染色體中，其中一條X染色體上的大多數基因都被關閉，這被稱為X-失活（X-inactivation）。這個機制能降低女性染色體上基因的過度表達，使之與只有單個X染色體的男性達到平衡，要知道，男性的另一個Y染色體基因數目僅有78個左右，比X染色體少1000多個。一開始研究人員以為是整一條X染色體完全失活，或者說“沉默”，可是上世紀80年代末期，研究人員發現這個“沉默”染色體的部分基因依然是活躍的。
最新的研究進一步揭開整個X連鎖基因的詳細情況，由于這種不完全的沉默，X染色體上至少15%的基因依然在不同程度地表達蛋白，這使得女性體內的部分蛋白水平不同程度的高于男性。而且女性之間也有不同，一些女性還有另外10%的X連鎖基因表達，也就是說，這種兩性之間的差異可以高達25%。
杜克大學的Huntington Willard博士表示：“我們現在知道兩性之間有最多可達25%的X染色體基因的表達模式不同。這種表達模式的差異性可能是解釋性別差異性的潛在原因之一，包括從普通的性別差異到復雜的疾病差異。”