英國生物銀行在GWAS中發現了與人類特征的新關聯

　　根據歐洲分子生物學實驗室歐洲生物信息學研究所的一對研究人員的一項研究，一套新的分析工具使系統地搜索拷貝數變異與復雜的人類特征或條件之間的聯系成為可能。

　　“我們提出了一個強大的 CNV 到表型發現過程，該過程使用類似于傳統的基于 SNP 的 GWAS 的 [下一代測序] 信息，”作者 Tomas Fitzgerald 和 Ewan Birney，均來自 EMBL-EBI，近日在 Cell Genomics 上寫道，并指出該方法“補充了 CNV 在罕見疾病發現中的長期使用，并提供了比已建立的基于 SNP 陣列的方法更高分辨率的常見 CNV 視圖。”

　　使用他們的“拷貝數估計器”（CNest）工具集，研究人員分析了 200,629 名外顯子組測序和表型英國生物銀行參與者的外顯子組序列中的拷貝數變異，利用他們為基于拷貝數的全基因組關聯研究確定的變異(CNwas) 涵蓋了數十種人類特征，以及它們與 SNP 變體的關系。

　　“盡管人們普遍認為 CNV 可以顯著導致人類特征的差異，但迄今為止，大規模 CNV 與表型關聯研究的方法，相當于 CNV 的 GWAS，受到許多因素的阻礙，包括方法學上的困難、足夠大的數據集的可用性以及從測序數據中解釋復雜重排的能力，”作者解釋說，稱 CNest 是“一種新的發現方法……基于大規模隊列的新型標準化技術。”

　　該團隊的 CNW 導致 CNV 與所考慮的特征之間存在 646 個顯著關聯，而其隨后的精細映射分析突出了 862 個與 CNV 相關的關聯。研究人員警告說，這些關系的一部分可以追溯到附近的 SNP，盡管該關聯研究還強調了 CNV 對人類特征及其與復雜人類狀況的潛在聯系具有以前未被重視的影響。

　　作者報告說：“這些關聯中的許多關聯根據先前對 CNV 和 SNP 基因組關聯測試的研究概括了多個已知關聯，而其他人則發現了與人類共同特征的遺傳學相關的新 CNV 特異性發現。”

　　研究人員指出，CNest 可以在全球基因組學與健康聯盟建立的標準范圍內使用，并且該方法應該可以在大型隊列中挖掘出其他信息豐富的 CNV。

　　“我們鼓勵社區探索我們在本文中所做的發現，使用 CNest 在英國生物銀行及其他地區建立更多的 CNV 關聯，并幫助進一步擴展 CNest 方法，以提供更全面的人類視角。變異，”作者寫道，并指出“在同一框架中聯合建模 SNP 和 CNV 的能力將更容易允許整合這兩種類型的變異。”