①細胞特異性mRNA轉錄的定位，可用于基因圖譜，基因表達和基因組進化的研究；
②感染組織中病毒DNA/RNA的檢測和定位，如EB病毒mRNA、人類乳頭狀瘤病毒和巨細胞病毒DNA的檢測；
③癌基因、抑癌基因及各種功能基因在轉錄水平的表達及其變化的檢測；
④基因在染色體上的定位；
⑤檢測染色體的變化，如染色體數量異常和染色體易位等；
⑥分裂間期細胞遺傳學的研究，如遺傳病的產前診斷和某些遺傳病基因攜帶者的確定，某些腫瘤的診斷和生物學劑量測定等。
