本癥為孟德爾顯性遺傳性疾病。Gardner最初的報告和隨訪資料提示該綜合癥系由單一缺陷基因或幾個獨立的但卻 密切聯系的基因所致。
本癥與家族性大腸息肉病是否為同一遺傳性疾病尚有爭議，Mckusiek有證據表明，導致家族性息肉病的情況不同，本癥是單一基因作用的結果。但Smith則認為，本癥系任何一名多發性息肉患者存在的一系列可能出現的變化的一種表現。Bussey也認為，所有的腺瘤性息肉均可伴有程度不等的胃腸道外病變。牛尾恭輔等報告，家族性結腸腺瘤患者半數以上有潛在性骨腫瘤，特別是在下頜骨，在家族性結腸腺瘤手術及活檢時，可見上皮囊腫之類的軟組織腫瘤，所以兩疾患在本質上應是同一疾患。
Cole等人證實了在結腸息肉病患者的結腸黏膜中有質變細胞的復制。Alvin等人使用Deschner等人設計的結腸黏膜孵化技術證實了在本癥患者中，利貝昆線表面細胞中的DNA、RNA和蛋白質形成的增加。盡管在本癥中遺傳因子的作用已充分明確，但這一體質的人自身對環境致癌劑易感性的增加，也可導致黏膜上皮細胞的質變。