上科大水雯箐博士：DIA常用軟件及分析流程|WeOmicsG21

Professor, ShanghaiTech University

申華莉，Huali Shen，復旦大學生物醫學研究院研究員，博士生導師

Professor, Institute of Biomedical Sciences Fudan University

常乘，Cheng Chang，國家蛋白質科學中心副研究員

Professor, National Center for Protein Sciences (Beijing)

沈誠頻，Chengpin Shen，上海易算生物科技有限公司首席執行官

CEO, Shanghai Omicsolution Co., Ltd.

張芳菲，Fangfei Zhang，西湖大學Guomics大數據實驗室博士生

PhD student, Guomics laboratory of Big Data, Westlake University 

郭天南，Tiannan Guo，西湖大學特聘研究員

Principal investigator, Westlake University

介紹：

基于數據非依賴性采集 (Data-independent acquisition, DIA)技術的蛋白質組學是一個正在快速發展的研究領域，目前已有多種軟件工具被開發出來用于DIA數據分析，然而對每種軟件結合不同譜圖庫的實際表現缺乏客觀和系統性的評價，會在一定程度上影響數據解析的效率、準確性與可重復性。上海科技大學生命科學與技術學院、 iHuman 研究所水雯箐 (Wenqing Shui) 研究員團隊今年 1 月份在《自然-通訊》期刊發表了論文 Benchmarking Commonly Used Software Suites and Analysis Workflows for DIA Proteomics and Phosphoproteomics。本工作首先創建了代表常規蛋白質組學實驗復雜性的標準數據集，利用該數據集評估了4種常用軟件結合7種譜圖庫、共10條數據分析流程的主要性能；而后評估了不同流程對磷酸化位點定位的準確性與分析TNF-α 誘導的磷酸化蛋白組數據的能力。該研究為DIA組學研究工作者選擇合適工具、建立可靠的數據分析方法提供了一份操作指南。本期研討會中，水雯箐博士將跟大家具體分享這項研究。