東曹發布疏水層析填料新品，助力寡核苷酸純化工藝優化

合成寡核苷酸——包括反義寡核苷酸(ASOs)、siRNA、適配體及DNA/RNA探針等——是通過與mRNA結合來阻斷翻譯過程并抑制不必要的蛋白質合成的短鏈、單鏈DNA/RNA分子的。這類寡核苷酸通過固相亞磷酰胺合成法合成，在合成過程中，5'-羥基需用酸敏感型5'-二甲氧基三苯甲基（DMT）基團保護。DMT既能避免在鏈延伸過程中發生副反應，又可在合成后保留以輔助純化。但最終產物中必須去除DMT。

DMT在結構上具有強疏水性，這使其能夠通過疏水相互作用層析法（HIC）進行純化。由于傳統的RPC技術分離需要大量使用有機溶劑，由此引發安全性、成本和環境問題備受關注。HIC填料可在水溶液體系進行分離，具備替代RPC分離的潛力。

基于此，東曹生命科學推出了高載量型HIC填料TSKgel Phenyl-3PW(20)，能夠一步高效分離DMT-on/off寡核苷酸及柱上DMT基團的剪切，實現低成本、高效率的寡核苷酸純化工藝。

TSKgel Phenyl-3PW（20）產品優勢：

TSKgel Phenyl-3PW(20) 是一款專為寡核苷酸、多肽等中分子量樣品純化而開發的疏水填料，表1展示了此款填料的性能參數。

表1. TSKgel Phenyl-3PW（20）基本參數

新款填料通過優化孔徑和增強疏水性，可實現對寡核苷酸的高吸附載量。圖1展示了在硫酸銨、檸檬酸鹽條件下，TSKgel Phenyl-3PW(20)的吸附載量比公司原有HIC填料提升了2.5倍以上。

圖1. 對20-mer DMT-on寡核苷酸的靜態吸附載量

TSKgel Phenyl-3PW（20）的分離選擇性：

圖2展示了4種不同配基的TOYOPEARL疏水填料，在分離DMT-on/off寡核苷酸時表現出的不同分離選擇性。可以看出，TSKgel Phenyl-3PW(20)在4款填料中的吸附力最強。

圖2. 四款HIC填料分離DMT-on/off寡核苷酸的對比

DMT-on/off寡核苷酸的分離效果：

圖3展示的是使用TSKgel Phenyl-3PW(20)分離20-mer的DMT-on寡核苷酸，收集到的組分再使用離子交換色譜柱TSKgel DNA-STAT和RPC色譜柱對其進行分析。DMT-on/off寡核苷酸可以完全分開，且RPC-HPLC的檢測結果顯示回收率可達99%。

圖3. DMT-on/off寡核苷酸的分離

一步柱上純化和DMT剪切的方法：

圖4展示的是使用TSKgel Phenyl-3PW(20)在酸性條件下進行在線剪切DMT保護基團，剪切后洗脫出來的DMT-off立即使用1 M Tris（pH 9.0）進行中和。然后用TSKgel DNA-STAT色譜柱分析，結果顯示DMT-off寡核苷酸目標物的回收率為94%，RPC分析結果顯示未檢測到DMT-on寡核苷酸。

圖4. 在線剪切純化DMT-off寡核苷酸

總結： 

合成寡核苷酸的純化及DMT剪切對基因治療應用至關重要，而傳統工藝中DMT的剪切與去除需要分步進行，這會增加工藝時間和復雜度。東曹新推出的TSKgel Phenyl-3PW（20）疏水填料，在pH4.0條件下能夠高效一步純化及柱上DMT剪切，既保持了寡核苷酸的完整性，簡化工藝流程，又可實現寡核苷酸的大規模純化。