包涵體在一些外界壓力下也可以形成，如溫度，是影響包涵體形成與否的主要因素。有些蛋白質在高溫的情況下容易形成包涵體，這是由于這些蛋白質在高溫下容易變性而形成聚集體。所以有人認為，當蛋白質具有高的融化溫度、高的天然構象穩定性的情況下，包涵體就不容易形成。但是，對一些體內包涵體形成的研究發現，包涵體的形成先于成熟肽鏈的形成，或者是同時進行的。在研究P22尾刺蛋白質發現，盡管尾刺蛋白質有高的穩定性，結構中主要是片斷，融化的溫度是88℃，并不受SDS、蛋白質酶和熱失活的作用，但是這種蛋白質是為數不多的在細胞內形成包涵體的原核蛋白質模型。有些天然的蛋白質在高溫（39.1℃）表達時可以提高25%，但是這些蛋白質不能折疊成天然的狀態而形成聚集體。聚集體形成的動力學表明，這些聚集體是從部分折疊的中間體形成的。實際上，這些折疊的中間體或者形成天然的狀態，或者形成聚集體，這個過程是溫度依賴性的，溫度的升高利于聚集體的形成。當蛋白質肽鏈在高溫下表達，合成的肽鏈足夠早地轉移到低溫下時，這些蛋白質肽鏈會重新進入折疊的過程。同時，當尾刺蛋白質在允許的溫度下表達后，再把細胞轉移到高溫下，這些蛋白質肽鏈保持活性，證明了一旦蛋白質被正確的表達并折疊成正確的構象以后，則細胞內的蛋白質的穩定性和溶解性在高溫下不再改變。蛋白質在體內折疊的中間體對于溫度因子明顯敏感。
沙眼衣原體包涵體認為較高的溫度可能增加了蛋白質合成的速度、折疊中間體形成聚集體的速度以及疏水相互作用力，表達的蛋白質易于以包涵體的形式存在。