（1）寄生型 肺曲霉球頻繁或大量咯血時推薦手術切除，不能耐受手術者可采用支氣管動脈栓塞止血；抗曲霉藥物全身應用療效不肯定，口服伊曲康唑可能有益；
（2）過敏型 首選激素治療，療程3個月；其后1年內必須密切隨訪，若出現血清總IgE升高或X線胸片出現浸潤，即使沒有癥狀，也需按急性期方案給予再次治療；慢性激素依賴性哮喘期和肺纖維化期患者需要長期應用激素，提倡隔日服藥以減少藥物不良反應，近年傾向于激素聯合伊曲康唑，減少激素用量。吸人用激素制劑可以改善哮喘癥狀，但不影響肺部浸潤的吸收。
（3）侵襲型 可選用：伏立康唑，伊曲康唑，卡泊芬凈或米卡芬凈，含脂質兩性霉素B。現在一般認為輕、中癥肺曲霉病或作為經驗性用藥可選擇伊曲康唑，病情較重者則應當選擇伏立康唑，當患者不能耐受其他藥物或其他藥物無效時應改用棘白菌素類，極危重患者搶救可考慮聯合用藥。