顱底凹陷癥的治療手術是本病唯一的治療方法，目的是解除畸形對延髓、小腦或上位精髓的壓迫，重建腦脊液循環通路和加固不穩定枕骨脊椎關節，適應癥為臨床癥狀嚴重、X線攝片及MRI顯示明顯畸變的病例。如患者臨床輕微，及時影像學可見畸形也不宜手術。
扁平顱底是顱頸區較常見的先天性骨畸形，如單獨存在一般不出現癥狀，常與顱底凹陷癥并發，診斷主要依據顱骨側位片測量顱底角，即蝶鞍與斜坡所形成的角度，在顱骨側位片上，由鼻根至蝶鞍中心連線，與蝶鞍中心向枕大孔前緣連線所形成的夾角，成人的正常值是109-145度，平均132度，本病患者顱中窩、顱前窩底部和顱底斜坡部均向顱內凹陷，使顱底角大于145度有診斷意義。