TLC還可用于少量如100毫克左右的化合物的分離，此時混合物樣品不是“點”在板上，而是涂抹在TLC板上且高于洗脫劑液面上的位置，形成一條水平的樣品帶。然后如同展開小型TLC板一樣將制備TLC板展開并晾干，然后將每條攜帶不同化合物的色帶從板上分別刮下，并用合適的溶劑萃取洗滌（如二氯甲烷）并過濾掉固定相等不溶物，得到濾液后再脫除溶劑就得到純凈的化合物。對于小量且易于分離的反應產物，制備TLC較柱色譜在時間、效率和經濟上更占優勢。顯然，這種方法得到的TLC板不可用全部用化學方法顯色，否則會導致樣品全部損失。因此可使用一些不會破壞樣品的顯色方法，如紫外線。或者，可刮下板上部分的吸附相進行鑒定，也可以割下部分的TLC板用顯色劑（如碘）找到需要的化合物。