希臘科學復興之后，與基督教構成了一種緊張張力，而這種張力恰恰成為現代西方文明發展的強大動力。
近代科學的誕生有兩個基本要素，一是古典科學的復興，如果沒有希臘科學這個基因的話，近代科學是不可能產生的。但是如果只有希臘科學的復興是不足以描述近代科學的。希臘科學和近代科學的根本區別是由無用的科學到有用的科學的進化，由單純的內在推演的科學到基于經驗的，尋求對世界掌控的科學的進化。希臘科學復興無法憑借其單一力量完成這一轉折。二是對古典科學的修正，修正的因素有很多，比如說歐洲的社會制度，資本主義經濟、技術革命、基督教、地理大發現、宗教改革等等。我認為其中起到最重要作用的是基督教，而且它直接影響了其他若干因素。
基督教對近代科學的影響首先體現在觀念層面上。
自由作為自由意志。希臘科學作為一種科學，首先并不是生產力發展的需求，也不是技術發展的必然后果。它是基于某種特殊的人文理想之上的，即自由的人性理想。把自由作為人性基本規定的希臘文化必然孕育出科學這種人文形式。科學在希臘時期既不是任何意義上的生產力，也不是智力炫技，而是對人性自身規定的實現方式。基督教作為一種新的文化改變了對自由的規定。希臘人的自由簡單說來是對必然的認識，這個重要的關于自由的理解到了近代依然被相當多的哲學家所認可和接受。而基督教提出嶄新的、完全不同的對自由的認識，即自由的意志化。對必然的認識和順從在基督教看來還不是自由的，自由是一種意志選擇，即人有能力選擇與必然相反的東西。這種自由的維度使得同樣以自由、人性為目標的科學產生了微妙的轉變。科學的目的不再是單純的認識和順從邏輯，而改變為人自身的主體性的張揚，這是新科學的主要動力。
人的中心地位。在希臘科學中，神界的邏輯相比人具有更重要的地位。而基督教把人放在中心的地位。人是萬物之靈長，人是上帝在世界的代理，上帝允諾人支配和控制世間的一切事物。自由意志和人的中心地位加起來構成了一種主體性的科學。希臘科學簡單說來是求真的科學，近代科學由于自由本身發生的改變，科學的目標不再是單純地求真，而引入了求力意志的維度。希臘科學復興之后，與基督教構成了一種緊張張力，而這種張力恰恰成為了現代西方文明發展的強大動力。
自然的去神化。在希臘時期，自然是高不可攀的，人工只能模仿自然。所以人對自然的認識是單純的被動性認識，沒有辦法對自然進行操作。而基督教降低了自然的重要性，認為它是一個受造物，而受造物不可能分有絕對的必然性，在全能的上帝面前，自然嚴格說來是沒有什么必然性可言的，變成了碎片和偶然的產物。自然規律需要單獨的方式進行構建，整個近代對經驗的重視來自于自然去神這個關鍵環節。
提倡勞動與技術。希臘是一個奴隸社會，自由民不需要進行體力勞動，希臘哲學認為采取對自然干預的方式來認識自然是要不得的。而基督教打碎了奴隸制，提倡人人平等。對勞動的提倡在某種意義上推動了近代實驗科學的發展。
基督教對近代科學的第二個重要影響體現在制度層面上。相比于基督教世界，伊斯蘭世界與其有類似的處境。二者都有復興希臘科學的機會，實際上也都復興過。而伊斯蘭世界對希臘科學的繼承卻并不持久。基督教世界為何能持續地將希臘科學繼承下來，需要從制度層面來分析。
羅馬帝國崩潰之后，整個歐洲出現了很多世俗國家。羅馬成為了當時西方世界實際的領導者。而在12世紀教會開始創立自己的法律之后，教會和世俗之間的分權變得清晰分明。基督教和伊斯蘭教的根本區別是前者為緩慢傳教，積累了很多與異教和世俗政治打交道的經驗。它發明了一整套非常優良的制度構建，即政教分權。因此，世俗的學術與其宗教教義并行不悖，尤其是到了13世紀，第一次學術復興時，大量的希臘學術典籍被翻譯并傳入拉丁世界，出現了希臘學術與基督教教義之間不可調和的沖突。基督教世界通過經院哲學和大學創立了非常好的學術治理方式。中世紀的大學制度對希臘學術這樣一種純粹的科學提供了穩定的制度保障。在這樣一種制度之下，所有的高級知識分子及社會的精英人士都受過相當好的希臘學術訓練。經院哲學提供了幾乎同等看待基督教教義和亞里士多德學說的可能條件。人們可以自由懷疑和批評亞里士多德的任何學說，而反過來，可以基于對亞里士多德學說的堅持來規避教義所要求的命題。總體來說，基督教為近代科學的發展起到了保障希臘學術的作用。
綜上所述，我們可以說從觀念層面，基督教為近代科學的誕生提供了修正的作用，在制度層面上它為希臘學術這一異教學術的傳播創造了制度條件。