因為這個新的命名規則，微生物學界吵起來了！

如果一夜之間，你的研究對象紛紛改名換姓，甚至有了新的分類，寫起實驗報告和論文，你會不會有些犯難？

微生物學家們正面臨這樣的問題。

近日，美國國家生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information）宣布，將更新其對42個細菌和古細菌“門”的分類和命名方式。

具體而言，新的門系命名規則要求，目前所有的“門”都必須有一個以后綴“-ota”結尾的拉丁名稱，并且“門”的名稱應該取自該門內的一個屬。

此前，原核生物的命名法規中將“門”這一分類標準排除在外。

隨著微生物學家們探索的深入，此前一直使用的名稱和分類方法已經過時。在相當長的一段時間里，特定生物體發現者建議的俗名占據上風，創造了非官方門名稱的大雜燴。

原核生物新命名和分類應運而生，這一改變自然有助于科學標準化。

但對于一線微生物研究者而言，培養皿中熟悉的小伙伴們忽然換了名字，實在免不了麻煩。

做研究，連續性大于標準化？

這場命名和分類新法則始一出臺，便在微生物界引起軒然大波。

不少研究人員在社交平臺發起討論，并把細菌和古細菌擬人化，通過表情包模因進行“集體哀悼”。因為對許多微生物學家而言，新分類和命名不僅代表著稱呼變化，更可能導致過往研究與當下研究的脫節。

田納西大學諾克斯維爾分校的微生物學家Karen Lloyd認為，這些“戲劇性”的分類和命名將使研究變得更加困難。它不僅破壞改名前后論文的連續性，還可能威脅到科學家的工作能力。對她而言，連續性勝過標準化。

佐治亞理工學院的環境工程師 Ameet Pinto也表示，需要適應新的命名、分類方法，確實會給研究帶來不便。

隱憂不止于研究不便，還有實踐中的安全隱患。Lloyd提出，在疾病研究、基礎設施維護、食品安全等應用領域中，如果當下使用的微生物名稱與文件中的名稱不同，可能會造成安全隱患。

短期頭痛，能帶來長期好處

不過，也有不少微生物學家們點贊這次原核生物界的“大洗牌”。

參與此次原核生物命名法規制定的密歇根州立大學微生物學家Garrity認為，這是原核生物改名的重大嘗試。他把原核生物改名比作字典條目的變動，“有多少人對字典條目感到不安？”

Garrity補充說，如果科學家“希望他們的名字有價值，他們就必須遵守規則。不要抱怨。學習規則、玩游戲。”

也有聲音認為，這一變化正標志著科學家們對微生物的理解不斷進步。內華達大學拉斯維加斯分校的微生物學家Brian Hedlund表示，“我們不應該期望分類和名稱是穩定的，如果它們穩定，則意味著我們了解一切——而我們就是不了解。”

國際原核生物系統學委員會主席、諾森比亞大學微生物學家Iain Sutcliffe則表示，科學始終向前發展，如同一張模糊的圖片漸漸聚焦，而大家會很快適應新的命名方式。

改名的漫長征程

也許這場“規范化”來得太遲了。

委員會主席Sutcliffe認為，“門”這一分類的滯后是由于歷史局限造成的，命名法典首次起草于1936年，當時已知的原核生物極少，有限的技術還不足以識別細菌世界巨大的多樣性。

上世紀80年代前，科學家們通過形態學和培養特性對原核生物進行分類，這種趨化分析的方式很快向遺傳學分類轉變。借助16S rDNA序列技術，科學家們能從單個物種層面識別和區分細菌，這是對當時分類技術和分類學概念的突破。

更名也需要國際原核生物系統學委員會通過。這是一個由微生物學家和分類學專家組成的組織，他們負責維護國際原核生物命名法規。

2015年，委員會的科學家們在該組織的官方期刊《國際系統與進化微生物學雜志》上發表論文，提議將“門”納入原核生物的命名法規中，并建立一個新系統。幾經修改，2021 年 2 月，改名問題被提交給委員會投票，最終以19:2獲得通過。

如今，微生物學正處于“第二次革命”，隨著全基因檢測方法的進步，傳統的微生物分類標準也顯得過時。微生物學的未來比過去要長得多。但問題在于，當前基因檢測是否能保持分類黃金標準的地位，而新技術是否會在遙遠的未來取而代之？

正如沙漠研究所分子生態學家Alison Murray總結的，“我們需要一種語言來傳達地球上生命的多樣性，適應這些變化同樣是科學史的一部分。”

參考資料

[1] Newly Renamed Prokaryote Phyla Cause Uproar

https://www.the-scientist.com/news-opinion/newly-renamed-prokaryote-phyla-cause-uproar-69578

[2] NCBI Taxonomy to include phylum rank in taxonomic names

https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2021/12/10/ncbi-taxonomy-prokaryote-phyla-added/

[3] Researchers Propose Automating the Naming of Novel Microbes

https://www.the-scientist.com/notebook/researchers-propose-automating-the-naming-of-novel-microbes--68411

[4] Oren A, Garrity GM. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol. 2021 Oct;71(10). doi: 10.1099/ijsem.0.005056. PMID: 34694987.

[5] Oren A, Arahal DR, Rosselló-Móra R, Sutcliffe IC, Moore ERB. Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum. Int J Syst Evol Microbiol. 2021 Jun;71(6). doi: 10.1099/ijsem.0.004851. PMID: 34161220.