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  •   近日,德克薩斯州西南醫學中心的徐劍教授課題組與復旦大學附屬中山醫院及生物醫學研究院(IBS)周峰研究員課題組合作,首次利用了“biotinylated dCAS9”的方法建立了高分辨率,位點特異原位DNA-蛋白質以及其他元件的互作網絡 。8月24日,相關研究成果以《通過dcas9原位捕捉染色質相互作用網絡》(“In Situ capture of chromatin interactions by biotinylated dCAS9”)為題在國際頂級學術期刊《細胞》(Cell)雜志上發表,徐劍教授和周峰研究員為共同通訊作者。徐劍教授為該文章的Lead Contact。

      隨著功能基因組學的飛速發展,對調控基因表達的順式(cis-)和反式(trans-)作用元件進行系統研究成為當前急需填補的領域空白。此前也有利用3D基因組圖譜的方法來研究染色質結構的組學技術:染色質免疫沉淀技術CHIA-PET能夠鑒定到全基因組范圍內的染色質互作水平,最近幾年發展起來的Hi-C技術可以在更大范圍內捕獲包含各種拓補結構在內的與染色體相關的互作關聯信息。但遺憾的是,目前為止,這些技術都無法得到與基因位點特異性相關的互作圖譜,同時也缺乏反式作用原件(trans-)參與介導的互作圖譜信息。

      據介紹,此次研究建立的“CAPTURE方法”可以針對感興趣的基因位點進行全面的挖掘,在原位發現對DNA的轉錄起到重要調控作用的蛋白質及其他元件,這種3D互作組學手段有助于科研人員今后就調控元件與疾病和發育的關系作進一步深入研究。

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