帶你認識強大的基因表達專家——GeneSpring

GeneSpring是一款廣受好評的基因組學工作人員必知軟件 ，使用者可在短時間內分析運算出目的基因的序列，稱得上系統生物學分析軟件中的佼佼者，受到相關科研工作者的歡迎和肯定。本文對GeneSpring GX的優勢做詳細分析。

GeneSpring生物數據分析軟件

GeneSpring GX是一套特別針對生物學家需求所精心設計的生物芯片數據分析軟件 。它提供多種便捷的統計學工具, 擁有強大的圖形顯示和數據分析能力。通過GeneSpring GX互動式的視窗操作界面, 用戶可以有效地將芯片數據與其生物學意義進行整合, 從而實現快速找到基因表達調控相關對象的最終目標作為表達譜數據分析的金標準，GeneSpring GX目前已經擁有超過4400篇的高水平參考文獻的引用。

支持最新的miRNA 應用研究

GeneSpring GX為用戶提供了對包括基因表達譜，內含子選擇性剪接以及最新的miRNA表達譜等應用研究的全面支持。GeneSpring GX不僅可以為用戶提供多種統計學工具對miRNA表達譜數據進行分析，而且還整合獨有的TargetScan功能可以對miRNA表達發生變化后所引起的后續生物學結果進行準確預測。除此此外，用戶還可以通過GeneSpring GX對qPCR 數據進行分析。

階梯式的數據管理模式

GeneSpring GX可以根據用戶不同的研究課題建立目錄對實驗數據進行分類管理。這種階梯式的數據管理模式可以幫助用戶方便快捷地對同一研究課題中，不同批次的實驗結果進行直接比較和整合分析。除此之外，GeneSpring GX對數據分析過程中的每一步操作也自動保存，因此在極大程度上方便了用戶對復雜生物學數據的個性化管理。

直觀的圖形顯示

GeneSpring GX擁有強大的圖形功能，可以幫助用戶從不同角度獲得數據信息，并且創建各種類型的圖形圖表，從而有效地傳遞數據中包含的生物學信息。GeneSpring GX支持包括tiff、jpeg、png、bmp在內多種圖像格式的輸出。GeneSpring GX提供的可視化工具包括：3D散點圖(3D scatter plot)，直方圖(Histogram plot)，火山圖(Volcano plots)，Box-Whisker圖(Box-Whisker plot)，矩陣圖(Matrix plot)，Venn圖(Venn diagram)和熱圖(Heatmap)等。

數據分析的工作流模式

GeneSpring GX為用戶提供了多種針對不同數據來源所精心設計，并且適用于常規數據分析任務所需的工作流模式。比如，針對安捷倫公司的芯片數據，GeneSpring GX設計的工作流模式會應用Feature Extraction所包含的質量控制參數來對芯片的數據質量進行評估。除工作流模式之外，GeneSpring GX也為用戶提供了數據分析的高級模式。用戶可以根據自己的需求，靈活地對各項分析參數進行相應的調整。

數據歸一化和轉換方法

在實際操作中，即使用戶嚴格控制實驗條件和規范操作，仍然不可能完全避免因為實驗不確定因素所導致的數據偏差。GeneSpring GX提供一系列的數據歸一化和轉換方法，幫助用戶有效去除不同實驗間的非生物學差異以保證數據的準確性。

檢驗基因差異表達的統計學工具

GeneSpring GX為用戶提供了多種功能強大的可以用于檢驗基因差異表達的統計學工具，包括T檢驗(T-tests)以及單因素和多因素方差分析(One-way and multi-way ANOVA ANOVA)等。

聚類分析和樣本類別預測

GeneSpring GX為用戶提供了多種可以用于在表達譜數據中尋找共性和特征規律的分析工具。樣本主成分分析法(PCA)可以將分散在一組變量上的信息集中到某幾個主成分上，從而達到數據降維的作用。

其它包括K-均值聚類分析(K-means)、系統聚類分析(Hierarchical)以及自組織映射聚類分析(Self-organizing maps)在內的聚類算法，可以基于表達譜數據的相似性，對不同實驗組別或是樣本數據進行分類研究。

GeneSpring GX 10中的樣本類別預測工具(Support Vector Machines, Neural Network,Na?ve Bayesian和Decision Tree)可以幫助用戶快速分析大量的表達譜數據，并且從中找出可能和疾病表型或者其它特征相關的基因標識。

數據的生物學意義解析

對表達譜數據進行分析的目標就是要從那些具有統計學意義的數據結果中找出與其關聯的生物學意義。GeneSpring GX不僅可以幫助用戶分析單個基因的表達數據，而且提供多種工具來幫助用戶從多個視角對實驗數據中所提示出的分子代謝通路、分子功能以及可能的表達調控機制進行深度解析。GeneSpring GX提供以下生物學輔助解析工具：

最新基因注解更新(支持從NCBI,安捷倫公司和eArray網站在線或是直接通過用戶提供的text文檔進行更新)

Gene Ontology (GO) 富集化分析

基因組分析和基因組富集化分析(Gene and gene set enrichment analysis)

通過GO 瀏覽器觀看基因的主要功能分類

對目的基因進行GO分析

代謝通路分析

GeneSpring GX支持Biopax通路交換格式的導入和觀看

查找與目的代謝通路相似的其它代謝通路

建立不同分子間的相互作用關系及其它模型

Ingenuity Pathway Analysis (IPA)整合工具

卓越的數據兼容性

GeneSpring GX是開放式的數據分析軟件，目前支持包括安捷倫公司，Affymetrix公司，Illumina公司等不同芯片平臺所產生的數據。GeneSpring GX 10還可以幫助用戶輕松實現跨芯片平臺的數據比較和整合。