圖 CINTER-seq方法揭示細胞互作依賴的細胞景觀與基因表達特征
在國家自然科學基金項目(批準號:32350030,32450763,21977048等)資助下,南京大學李劼教授團隊在活體內細胞間相互作用解析研究方面取得了新進展,研究成果以“CINTER-seq:化學方法剖析揭示活體內細胞互作依賴的細胞景觀與基因表達特征(CINTER-seq: Chemical profiling reveals interaction-dependent cell landscapes and gene signatures in vivo)”為題,于2025年7月16日在線發表于《免疫》(Immunity)。論文鏈接:https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(25)00280-8。
細胞間的相互作用在調控機體生理功能和疾病進程中發揮著關鍵作用。相比體外研究模型,活體原位研究更能真實反映細胞互作的自然狀態,但技術要求也更為嚴苛。然而,在活體內原位解析細胞間的相互作用仍面臨較大技術挑戰,現有研究工具相對匱乏。目前常用的活體互作研究手段主要包括以雙光子顯微成像為代表的成像技術,以及以uLIPSTIC為代表的酶催化鄰近標記方法,但仍存在一定的應用局限。
李劼教授團隊率先開發出了基于近紅外光催化的活體原位鄰近標記技術(NIR-PPL),以天然卟啉骨架分子焦脫鎂葉綠酸a(PPa)為催化劑,結合高效的苯胺基生物素探針(BAn),實現在活體狀態下精準捕獲免疫細胞與癌細胞之間物理接觸的相互作用。研究團隊進一步融合單細胞多組學技術,構建了名為CINTER-seq的高通量細胞互作定量分析平臺,在單細胞水平上實現了細胞轉錄組、T細胞受體(TCR)序列、樣本來源信息以及細胞間相互作用強度的同步整合分析,揭示了腫瘤微環境中T細胞及中性粒細胞與癌細胞在互作強度上的細胞景觀與基因表達特征(圖)。研究發現免疫檢查點分子LAG3不僅是細胞耗竭的標志物,還可直接介導腫瘤細胞與CD4+ T細胞的相互作用。同時,研究也揭示了腫瘤細胞可通過互作“馴化”中性粒細胞使其表現為促進腫瘤進展的表型,并通過抑制T細胞增殖及殺傷能力,削弱其抗腫瘤免疫效應。
該研究為深入解析活體細胞互作網絡及其在腫瘤等重大疾病中的作用機制提供了高效、精準的新工具,為腫瘤免疫治療研究提供了重要的理論和技術支撐。
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