新剪切模式揭示兩千多種新蛋白

　　十多年前，人們就已經完成了對人類和小鼠基因組的測序，現在每個人都可以通過數據庫使用這些信息。然而，人類和小鼠的蛋白質列表還未完成，最近研究人員還在一種新剪切模式的基礎上，發現了兩千多種新的哺乳動物蛋白。數據庫中列有編碼這些蛋白的核苷酸序列，只不過人們原先認為它們沒有得到翻譯。

　　“我們在研究蛋白時發現了一種奇怪的剪切模式，”文章的資深作者，澳大利亞國立大學的Aude Fahrer說。“于是我們就想看看還有多少類似的蛋白。”

　　他在研究參與染色體裝配的Ncaph2蛋白時發現，其編碼基因的一種剪切方式，使一個外顯子缺少了17bp。這種剪切沒有刪除完整的密碼子，應該會使閱讀框發生位移，最終無法翻譯成為蛋白。事實上數據庫中的確列出了這樣的選擇性剪切，并將其注釋為無法翻譯。

　　然而Fahrer的研究團隊發現，另有一個起始密碼子和選擇性剪切閱讀框，令選擇性剪切的蛋白得以翻譯。研究人員指出，此前只報道過三例類似的蛋白異構體形成模式。

　　于是研究人員利用NCBI和ENSEMBL數據庫，在小鼠和人類基因組中尋找類似的選擇性剪切。他們發現有1849個人類轉錄本和733個小鼠轉錄本，以類似的方式編碼選擇性剪切形成的蛋白異構體。其中80%的轉錄本被錯誤地注釋為不編碼蛋白質。

　　“發現兩千多種新蛋白令我們非常興奮，”Fahrer說。“其中的一些很可能具有重要的生物學意義。”舉例來說，其中一種蛋白異構體對一個通路的影響，與原始蛋白截然相反。

　　生物信息學分析只能得到預測性的結論。為了證明這些蛋白的確得以翻譯，研究團隊在蛋白預測信息的基礎上分析了一個質譜數據庫，驗證了26種新異構體的存在。此外，他們還比對了新發表的翻譯起始位點，驗證了另外38蛋白異構體。

　　Fahrer的研究團隊正在聯系ENSEMBL數據庫管理員，希望能夠更新相關轉錄本的注釋。“我們希望能使其他研究者們從中收益，”Fahrer說。