核酸與小分子識別理論計算研究取得進展

　　中國科學院長春應用化學研究所電分析化學國家重點實驗室研究員汪勁和副研究員晏致強，提出了核酸—小分子識別特異性的理論計算方法并開發了一套全新的核酸—小分子相互作用能量打分函數SPA-LN。該研究成果發表在Nucleic Acids Research上。

　　研究表明，核酸（nucleic acids, 包括DNA和RNA）不僅是儲存和傳遞遺傳信息的載體，而且參與和調控細胞內多種生命活動。功能核酸如核酸開關(riboswitch)、核糖酶(ribozyme）和非編碼核糖核酸(ncRNA)等被認為是潛在的藥物分子靶點。在篩選和設計新藥時，預期的效果是新藥能有效地與靶核酸特異性結合，同時又盡量少地與其它核酸或其它生物分子(如蛋白)發生作用，從而避免副作用產生。如何量化核酸與小分子識別特異性是當前研究的難點。

　　汪勁和晏致強通過漏斗能量地貌（funnel-like energy landscape）理論，提出了特異性理論計算方法，該方法能有效地區分特異性復合物結構與非特異性結構。針對核酸與小分子識別體系，在特異性量化的基礎上開發了一套全新的核酸—小分子相互作用打分函數SPA-LN，改進了傳統的核酸—小分子相互作用打分函數開發方法，并提高了核酸與小分子相互作用預測準確性。SPA-LN可廣泛應用于以核酸為靶點的分子對接和藥物分子設計與篩選。

　　上述工作得到了國家重點研發計劃、國家自然科學基金等的資助。