①打開電源，對系統進行預熱；
②打開氣體閾，調節 壓力，獲得適宜的液流速度；開啟光源冷卻系統；
③在樣品管中加入去離子水，沖洗液流的噴嘴系統；
④利用校準標準樣品，調整儀器，使在激光功率、光電倍增管電壓、放大器電路增益調定的基礎上，0和90散射的熒光強度最強，并要求變異系數為最小；
⑤選定流速、測量細胞數、測量參數等，在同樣的工作條件下測量樣品和對照樣品；同時選擇計算機屏上數據的顯示方式，從而能直觀掌握測量進程；
⑥樣品測量完畢后，再用去離子水沖洗液流系統；
⑦因為實驗數據已存入計算機硬盤（有的機器還備有光盤系統，存貯量更大），因此可關閉氣體、測量裝置，而單獨使用計算機進行數據處理；
⑧將所需結果打印出來。