一 傳染源
乙腦是人畜共患的自然疫源性疾病，人與許多動物都可以成為本病的傳染源。人被乙腦病毒感染后，可出現短暫的病毒血癥，但病毒數量少，持續時間段，所以人不是本病的主要傳染源。動物中特別是豬的感染率高，仔豬經過一個流行季以后幾乎100%感染，感染后血中病毒數量多，持續時間長，加上豬的飼養面廣，因此豬是本病的主要傳染源。一般在人類乙腦流行1-2個月前，現在家禽中流行，故檢測豬的乙腦病毒感染率可預測當年在人群中的流行趨勢。
二 傳播途徑
乙腦主要通過蚊蟲叮咬而傳播，其中三帶喙庫蚊是主要傳播媒介。由于蚊蟲可攜帶病毒越冬，并可經卵傳代，所以蚊蟲不僅為傳播媒介，也是長期儲存宿主。
三 易感人群
人群對乙腦病毒普遍易感，感染后多數呈隱性感染，感染后可獲得持久免疫力。病例重要集中在10歲以下的兒童，以2-6歲組發病率最高，大多數成人因隱性感染而獲得持久免疫力，嬰兒可從母體獲得抗體而具有保護作用。近年來由于兒童和青少年廣泛接種疫苗，成人和老年人的發病率則相對增加。
四 流行特征
東南亞和西太平洋地區是乙腦的主要流行地區。中國除東北，青海，新疆和西藏外，具有本病流行，發病農村高于城市。隨著疫苗的廣泛接種，中國乙腦的發病率已逐年下降，但近年來也出現了一些新的流行區，并引起了爆發流行。乙腦在熱帶地區全年均可發生，本病集中發病少，呈高度散發性，家庭成員中很少有多人同時發病。