湖南地方豬60K單核苷酸多態性芯片開發成功

11月30日，中國工程院院士、湖南農業大學教授印遇龍主持的湖南省創新型省份建設專項“優質湘豬全基因組育種技術研發及新品種（配套系）培育”項目中期檢查會在長沙召開。該項目旨在針對目前我國地方豬品種遺傳基礎和基因資源研究不足問題，系統挖掘地方豬優異特色性狀功能基因，開發和優化以基因組選擇和雜種優勢預測為主的基因組育種技術。

《中國科學報》記者在會上獲悉，印遇龍院士團隊已完成湖南地方豬60K SNP（即單核苷酸多態性）芯片開發的設計工作。該芯片包含了寧鄉豬、沙子嶺豬等地方豬的變異位點，可對湖南地方豬進行基因型精準鑒定評估及重要性狀基因的挖掘利用，加速實現湖南地方豬從傳統的經驗育種到定向、高效、精準的分子設計育種和智能育種的轉變，對種業提升和鄉村振興戰略具有重要意義。

該芯片成功開發有何意義？印遇龍解釋說，60K SNP芯片也就是6萬個單核苷酸多態性位點的基因芯片。基因控制著生命的基本生命活動，儲存著控制豬的肉質性狀、生長性狀、胴體性狀和繁殖性狀等生命過程的全部信息。“也就是說，沒有這個芯片之前，我們不知道湖南省地方豬品種的某個變異位點在那里，不認識通往豬相關基因位點的‘路標’。有了這個芯片，好比在湖南地方豬遺傳物質之‘路’上增加了路標，我們在開展后續種豬全基因組選擇育種、改善肉質性狀等工作時可以順著‘路標’進行選擇。”

印遇龍補充說，湖南地方豬特異的“路標”越多、越密集，意味著我們對湖南地方豬的了解更透徹，開展豬種育種等工作也就更容易。

當前，我國豬肉市場以瘦肉型豬為主，這也是保障有肉吃的基礎。地方豬或地方豬雜交豬種的豬肉有更優良的肉質，也形成了逐漸擴張的優質豬肉小眾高端市場，而且規模正在逐漸擴大。市場的細分特性，決定了地方豬育種應與瘦肉型豬育種在育種目標上有差異。

“生豬的遺傳機理復雜，傳統育種進展緩慢且育種效果不理想，制約了種豬改良進程。”印遇龍表示，利用基因芯片的基因組育種是最新一代的基因組育種新技術，可極大地提高育種效率。目前不少跨國育種公司已將基因組育種作為常規育種手段，但他們沒有地方豬資源，其基因組育種只是針對瘦肉型豬的育種，在豬肉產品的多樣性方面很欠缺。

印遇龍表示，以前由于技術壁壘、育種意識等原因，國內基因芯片檢測市場被國外固相芯片公司壟斷，在位點設計、點制固相芯片儀器設備等方面難突破。中國有豐富的地方豬資源，因此，項目組從地方豬受市場歡迎的特色性狀著手，充分利用這些性狀的基因，設計出適合地方豬特色性狀育種的位點，并在一定程度上兼容國外芯片位點，針對芯片點制儀器的限制制備了液相芯片，規避了國外芯片點制儀器的限制，不需要點制就能檢測。

除了上述芯片的開發工作外，該項目在新品種培育方面也取得重大進展。其中，以巴克夏豬為父本和寧鄉豬為母本雜交生產的商品豬廣受市場好評，相關企業已推廣銷售十余萬頭，目前正以此為基礎開展新品種培育工作。

同時，項目組以杜洛克豬為父本、湘西黑豬為母本，通過雜交創新、橫交固定和繼代選育，采用BLUP法與全基因組關聯分析相結合的現代育種技術育成了廣益黑豬，目前已完成十個世代的選育。廣益黑豬體型外貌一致性好、生長較快、瘦肉率較高、肉質佳風味好，主要經濟技術指標超過原定選育目標，2023年將向國家畜禽遺傳資源委員會提請新品種審定。

該項目組以巴克夏豬為父本、沙子嶺豬為母本培育的湘嶺豬已選育到第三個世代，以巴克夏豬為父本、湘村黑豬為母本培育的湘村黑豬壹號新品系已選育到第五個世代。

此外，該項目組通過烏金豬、滇南小耳豬和撒壩豬的重測序，開發了云南優質豬專屬基因育種液相芯片；以滇南小耳豬、巴克夏豬、杜洛克豬等豬種為育種素材，通過雜交篩選最優雜交組合，進行橫交固定、群體繼代選育，培育了瀾滄黑豬新品種；在同等營養水平條件下, 測定了杜巴滇、杜滇、滇杜太和滇杜杜太4個雜交組合共100頭豬的肥育性能，結果表明杜巴滇組合的肥育和胴體性能明顯優于杜滇、滇杜太、滇杜杜太三個組合，且肉質優良，具有良好的推廣價值。