人類和黑猩猩的DNA僅百分之一不同。人類加速區域(HAR)是基因組的一部分,美國研究人員分析了數以千計的人類和黑猩猩HAR,發現人類進化過程中積累的許多變化具有相反的影響。研究結果近日發表在《神經元》雜志上。
論文主要作者、格拉德斯通數據科學與生物技術研究所所長凱蒂·波拉德博士說,這有助于回答一個長期存在的問題,即為什么HAR在早期人類進化得如此之快。HAR的初始變化可能會過度提高其活性,然后需要將其調低。這些發現對理解人類進化具有重要意義。此外,研究發現許多HAR在大腦發育中發揮作用,表明人類HAR的變異可能使人們易患精神疾病。
絕大多數HAR不是基因,而是增強子,即控制基因活性的基因組調控區域。為研究人類與黑猩猩的HAR在增強子功能方面的區別,研究人員利用計算機程序,預測任何給定DNA片段是否為增強子的模式。最終,研究人員使用該模型預測出三分之一的HAR控制大腦發育。
每個HAR在人類和黑猩猩之間都有多重差異,因此研究人員懷疑HAR中的個體變異影響其增強子強度。研究人員利用第二種機器學習模型預測出,43%的HAR包含兩個或更多具有較大相反效果的變體:給定HAR中的某些變體使其成為更強的增強子,而其他變化使HAR成為更弱的增強子。
研究人員將每個HAR融合到一個小的DNA條形碼上。每次HAR激活,增強基因表達時,條形碼就會轉錄成一段RNA。然后,研究人員使用RNA測序技術分析任何細胞中存在多少條形碼,以表明HAR在該細胞中的活躍程度。當研究小組對人類和黑猩猩腦細胞前體中的700多個HAR進行實驗時,數據模仿了機器學習算法的預測。
HAR變體在增強子水平上進行的“拉鋸戰”與已經提出的關于人類進化的理論非常吻合:人類物種的高級認知其實也是導致人類患上精神疾病的原因。
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