在特定的溫度下，一般是37度，待測物質直接或是間接或試劑中的底物發生反應，使整個液體環境的吸光度或是顏色發生變化，這個變化可能是變深或變淡，根據朗伯比爾定律，然后我們用數字光電設備去監測發生的變化，把顏色轉化成電信號再轉化成數字，電腦再加以計算，套入我們預先設定好的公式，這樣就有結果了。
*朗伯比爾定律
又稱比爾定律，是光吸收的基本定律，適用于所有的電磁輻射和所有的吸光物質，包括氣體、固體、液體、分子、原子和離子。光被吸收的量正比于光程中產生光吸收的分子數目,在我們生化分析上通俗的說就是光通過顏色均勻的液體光被吸收的多少或是顏色的變化和液體中物質的濃度成線性關系。
例如AST和GLU的檢測原理：
L-天門冬氨酸+ α-酮戊二酸 —AST— 草酰乙酸+ L-谷氨酸
草酰乙酸+ NADH +H+ —MDH— L-蘋果酸+ NAD+ + H2O
NADH在340nm有吸收峰，所以NADH的減少速度就可以反應出AST的含量
葡萄糖 + H2O + O2 —葡萄糖氧化酶—H2O2 + 葡萄糖酸
2 H2O2+ 4-氨基安替比林+酚—過氧化物酶—醌亞胺（紅色）+ 4 H2O
生成紅色的醌亞胺在500nm波長就可以檢測到。
一、分析方法的選擇：
常見的分析方法有:終點法,速率法。
1 終點法：一般分一點終點法和兩點終點法，一點法其原理是經過一定反應時間后,反應達到平衡時進行的一點分析。例如:溴甲酚綠法測定白蛋白均用該法。對于反應快的物質選用一點終點分析法。二點終點法，是用二點的吸光度之差進行計算。
2 速率法：也叫速度法或連續監測法，多數用于酶活力的測定。所有酶活力測定均選用速率法。其原理是根據酶所催化反應的速率來測定酶活力的大小，實際操作時要注意反應的方向，正反應和負反應。
二、雙波長測定中輔波長的選擇：
雙波長的應用是為了消除樣品中對測定有干擾的物質的影響,而實際應用中選擇第二波長主要用于消除脂血、溶血、黃疸等的干擾。例如:鉬酸銨法測定無機磷,其測定波長為340ｎｍ,對于溶血樣品,血紅蛋白在340ｎｍ有較強吸收,其吸光度同380ｎｍ處吸光度相同,選用380ｎｍ作輔助波長,可消除溶血對測定的干擾。
三、測定時間的選擇：
對于終點分析,測定時間的選擇應充分考慮到干擾的問題。例如:溴甲酚綠法測定白蛋白選用終點法,白蛋白同溴甲酚綠反應快,在一分鐘內基本上反應完全,隨著反應時間的延長,α球蛋白同溴甲酚綠反應形成干擾,因而溴甲酚綠法測定白蛋白,其測定時間應定于1分鐘。對于速率法,一般用于酶的測定,而酶活力的大小是用反應速度來表示 ,因而要求在零級反應期內測定反應速率,此時的反應速率不受底物濃度的影響,僅同酶活力大小有關。因此,測定時間應選在零級反應期內。對于一種物質的測定,由于選擇試劑和分析方法不同,其測定時間也隨之變化,因而對于特定的試劑和分析方法,應先做出反應進程曲線,從曲線上選擇最佳的測定時間。
四、樣品量和試劑量的選擇：
對于不同的全自動生化分析儀,其測定所需的反應液總量不同。而試劑廠商給出了樣品量和試劑量的最佳比例,根據比例同時縮小或增加用量,同時滿足最小的反應液總量。
五、校正點的設置：
對于多數項目的測定,其濃度同吸光度變化基本上成線性關系,選擇低、中、高三個校正點可獲得滿意的準確度。如果只設置一個校正點,盡量選擇一個中值校正點。對于有些物質,例如比濁法測定免疫球蛋白,其濃度同吸光度不成線性,因而需要盡可能多設置不同濃度的校正點。全自動生化分析儀的應用,提高了檢驗質量和速度,為臨床作出診斷、決定治療方案、判斷療效和預后提供了可靠依據,為了使用好全自動生化分析儀,最重要是恰當設置各種分析參數。隨著分析方法的提高及試劑的更新,分析參數也隨之變化。
六、吸光度限制的設置：
試劑吸光度上下限有的生化儀要求設置試劑吸光度上下限，主要是用來監測試劑的質量的，我們在實際工作中就遇到酶活力測定的試劑空白數據在規定限值內，但質控物測定結果連續偏低，病人結果因每天標本少而難以判斷，最后發現是試劑質量下降。
目前主流的全自動生化儀有貝克曼BeckmanCoulter的DXC800、AU5800，Roche，Abbott等，所以每種型號的儀器上的參數設置方法是不一樣的，我們的應用工程師會根據試劑的說明，然后再每種儀器上設置不同的參數，應用于臨床。
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