本病的臨床表現依患者的感染方式、年齡、免疫狀態以及合并癥不同而各異。
1.先天性感染
受感染的胎兒除流產、死產外，活嬰中約有5%表現為典型全身CID，即多系統、多臟器受累。另有5%表現為非典型的臨床表現，其余90%均呈亞臨床型。新生兒CID的特征是單核-巨噬細胞系統和中樞神經系統受侵犯，如小于胎齡兒、小頭畸形、黃疸、肝脾腫大、皮膚淤斑、腦積水、腦組織鈣化等。有研究發現孕早期HCMV原發感染對胎兒神經系統的損害較孕中期和孕晚期再發性感染及繼發性感染者重。
2.圍生期感染
主要通過分娩時的產道感染或經宮頸逆行感染及產后喂乳感染等，出生時多無感染癥狀，2～4個月后發病，多為亞臨床型，以呼吸道和消化道系統癥狀為主，如刺激樣咳嗽（呈百日咳樣）、氣促、發紺、間質性肺炎表現，黃疸、肝脾腫大、血小板減少性紫癜，本病的病死率可達30%，肺炎合并呼吸衰竭為主要的直接死因。