根據實驗目的不同，我們選擇的細胞反應器也有所不同。下面就對如何選擇細胞反應器提供一些參考：
小型實驗室哺乳動物細胞，昆蟲細胞培養，用于懸浮細胞和貼壁細胞的培養，最理想應用于微載體細胞培養時，選用細胞反應器中的生物攪拌器。
大型的細胞培養，菌體培養，生物代謝產物生產的生產型企業選用，多功能的生物反應器。大型的生物反應器的種類很多，根據用戶使用要求，也就是培養的對象來分，可以分為動物貼壁細胞培養反應器，動物細胞貼壁培養的生物反應器，昆蟲細胞生物反應器，菌體發酵的生物反應器。企業可以根據培養的對象來選擇自己需要的細胞反應器。
小型的實驗室哺乳動物細胞放大培養，并且培養對象(動物細胞)對剪切力影響不大的情況下，選用細胞反應器中的細胞培養轉瓶機。主要用于細胞的懸浮和貼壁培養。
小型的動物細胞，昆蟲細胞和植物細胞的生長的培養;剪切力敏感的細胞和厭養菌的培養;從搖床或組織培養瓶進行培養的過渡培養，選用細胞反應器中的袋式細胞培養器