消化性潰瘍的最終形成是由于胃酸－胃蛋白酶自身消化所致，這一概念在"Hp時代"仍未改變。胃蛋白酶是主細胞分泌的胃蛋白酶原經鹽酸激活轉變而來，它能降解蛋白質分子，所以對粘膜有侵襲作用。胃蛋白酶的生物活性取決于胃液pH，這是因為不但胃蛋白酶原激活需要鹽酸，而且胃蛋白酶活性是pH依賴的，當胃液pH升高到4以上時，胃蛋白酶就失去了活性。由于胃蛋白酶的活性受到胃酸制約，因而在探討消化性潰瘍發病機制和治療措施時，主要考慮胃酸的作用。在無酸的情況下罕有潰瘍的發生，抑制胃酸分泌和藥物促進潰瘍愈合，因此胃酸的存在是潰瘍發生的決定因素。DU無患者的平均基礎酸排量（BAO）和五肽促胃液素等刺激后的最大酸排量（MAO）常大于正常人，MAO低于10mmol/h者甚少發生DU。但DU患者的MAO變異范圍很大，與正常人之間有明顯重疊，僅20％－50％著高于正常，GU患者的基礎和刺激后的胃酸排出量多屬正常甚至低于正常，僅發生于幽門前區或伴有DU者的GU患者的胃酸排出量可高于正常，與DU相比GU中為散分泌量改變似乎不很顯著。DU患者胃酸分泌增多，主要與下列因素有關：
①壁細胞總數增多：胃酸分泌量與壁細胞總數相平行，DU患者的平均PCM可達正常人之1.5－2倍。壁細胞數量增加可能受遺傳因素影響和（或）是高促胃液素血癥（如在促胃液素瘤、Hp感染）長期刺激的結果。
②壁細胞對刺激物敏感性增強：DU患者對事物或五肽促胃液素刺激后的胃酸分泌反應多大于正常人，這可能是患者壁細胞上促胃液素受體的親和力增加或體內對促胃液素刺激胃酸分泌有抑制作用的物質如生長抑素減少（如Hp感染）所致。
③胃酸分泌的正常反饋抑制機制發生缺陷：正常人胃竇部G細胞分泌促胃液素的功能受到胃液pH負反饋調節，當胃竇部pH降至2.5以下時，G細胞分泌促胃液素的功能就受到抑制。此外，當食糜進入十二指腸后，胃酸和食糜刺激十二指腸和小腸粘膜釋放胰泌素、膽囊收縮素、腸抑胃肽（GIP）和血管活性腸肽（VIP）等，這些激素具有抑制胃酸分泌的作用。所以正常情況下，胃酸分泌具有自身調節作用。部分DU患者的這一反饋機織存在缺陷，遺傳、Hp感染等是可能的影響因素。
④迷走神經張力增高：迷走神經釋放乙酰膽堿，后者兼有直接刺激壁細胞分泌鹽酸和刺激G細胞分泌促胃液素的作用。