反向色譜柱在經過出廠測試后是保存在甲醇（或乙腈）/水中的。請一定確保您所使用的活動相和甲醇（或乙腈）/水互溶，由于色譜柱在運輸過程中可能會干掉，因此在用活動相分析樣品之前，應使用分10-20倍的體積的甲醇或乙腈平衡色譜柱。
假如您所使用的活動相中含有緩沖鹽，應留意用含水量很高（約95%）的活動相過渡，樣品分析完后，沖洗柱子是亦然。過往傳統的方法使用純水沖洗，對于非極性柱，如C8或C18，由于純水不能浸潤填料表面而沖倒碳鏈，造成柱效下降。
另外，分析樣品時，由于純水在填料表面不能浸潤形成水膜，出現樣品不保存而分不開，重現性差，所以對于一般的C18或C8，有機溶劑不能低于5%。硅膠柱或極性色譜柱在經過出廠測試后是保存在正庚烷中的。假如該色譜柱需要使用含水或甲醇或乙腈的活動相，請在使用活動相之前用乙醇或異丙醇平衡。
色譜柱在平衡過程中，將流速緩慢地進步用活動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線（緩沖鹽或離子對試劑濃度假如較低，則需要較長的時間平衡）。
色譜柱的再生：
建議用來沖洗的溶劑體積
色譜柱規格 柱體積 溶劑體積
150×4.6 2.50ml 50ml
250×4.6 5.0ml 100ml
250×10 20ml 400ml
請根據下表選擇您的再生方法：
極性固定相(如Si，NH2，Diol色譜填料)的再生：正庚烷-氯仿-乙酸乙酯-丙酮-乙醇-水
非極性固定相（如反向填料C18，C8等）的再生：水-乙腈-氯仿（或異丙醇）-乙腈-水
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