來自美國斯坦福大學,中國科學技術大學等處的研究人員發表了題為“Chromatin accessibility landscape of cutaneous T cell lymphoma and dynamic response to HDAC inhibitors”的文章,利用ATAC-seq技術,首次揭示了T細胞淋巴瘤(CTCL)的表觀遺傳調控機制。
這一研究成果公布在Cancer Cell雜志上,文章的通訊作者分別為斯坦福大學Howard Chang,以及 Youn H. Kim,第一作者為中國科學技術大學生命科學學院瞿昆教授。
基因調控是一個遺傳和表觀遺傳修飾共同作用的復雜系統,對患者的表觀遺傳基因組的深入研究對于在分子層次了解許多疾病的致病機理、優化診斷和治療方案都具有非常重要的科學意義。論文作者以人類 T 細胞淋巴瘤(Cutaneous T cell lymphoma, CTCL)為研究對象,利用一種名為ATAC-seq 的新技術研究CTCL患者個性化表觀遺傳調控機制及其對藥物敏感性的決定性作用。
CTCL是一種由T淋巴細胞克隆性增生造成的較為罕見的復雜性疾病,晚期的CTCL如Sézary綜合癥,癌細胞可以轉移至血液,導致T細胞白血病,是一種非常致命的疾病。
在這篇文章中,研究人員通過流式分離正常人和患者新鮮血液中的CD4+ T細胞,利用ATAC-seq技術快速檢測正常人和患者血液中微量活體T淋巴細胞的染色質開放位點,整合各類組學數據和生物信息分析技術,深度解析CTCL表觀遺傳指紋,構建CTCL腫瘤特異性、患者特異性和細胞特異性基因調控網絡。
此外,他們還通過追蹤患者在組蛋白脫乙酰酶抑制劑(HDACi)抗癌藥物治療過程中各個時間點的表觀遺傳狀態,在時間尺度上深入研究表觀遺傳基因組和關鍵性轉錄因子對患者藥物敏感性的動態調控機制,并準確預測患者對HDACi抗癌藥物的敏感性。
這篇論文是首個實時構建癌癥個性化表觀遺傳調控網絡的工作,一方面為研究其他疾病的個性化表觀遺傳調控機制建立了模板,另一方面為患者的精準醫療方案提供了科學依據,因此對推動精準醫療的發展有非常重要的科學意義。
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