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生物通報道：近日，加州大學圣地亞哥分校任兵教授帶領的研究小組，在國際知名學術期刊《Cell Research》以Letter to the Editor的形式，在線發表了題為“Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq”的學術文章。這項研究開發了鄰位連接輔助的ChIP-seq（PLAC –seq），其中鄰位連接是在核染色質切割和免疫共沉淀之前，在細胞核中進行的。并且研究人員證明，PLAC-seq可大大地提高ChIA-PET檢測哺乳動物細胞遠程染色質相互作用的效率和精度。 任兵教授早年畢業于中國科技大學，現為加州大學圣地亞哥分校Ludwig癌癥研究所基因調控實驗室主任，主要從事哺乳動物細胞基因調控網絡分析及細胞表觀遺傳學調控機制的研究。近年來在Science、Nature、Cell國際權威雜志上發表了......閱讀全文
研究人員發現一類植物特有的新型組蛋白甲基化閱讀器ADCP1，并確定其為動物HP1（Heterochromatin Protein 1，異染色質蛋白1）功能同源蛋白，揭示出其在植物異染色質維持和轉座子元件沉默中的作用，彰顯了不同生命界中表觀機制的復雜性和保守性。 2018年11月13日，清華-北
據最新發表于CA Cancer J Clin雜志的全球癌癥數據統計，全球每年乳腺癌新發病例約210萬，死亡病例62.7萬，在所有導致死亡的癌癥類型中排名第二【1】。乳腺癌細胞可以依據其表達雌激素受體(Estrogen receptor, ER)、孕激素受體 (Progesterone recep
染色質修飾包括組蛋白轉錄后修飾，組蛋白多樣性。連同DNA一起調控表觀遺傳表型。雖然染色質修飾在多種生理學過程和人類疾病中都有重要的意義，但是由于此前存在的技術檢測通道有限，無法同時檢測各種免疫細胞亞群特異性marker和各種染色質修飾。因此在人類免疫細胞中進行染色質研究具有挑戰性。近期出現的一個技術
3月23日，中國科學院生物物理研究所生物大分子國家重點實驗室李國紅課題組在Nature Cell Biology上發表了題為RYBP/YAF2-PRC1 complexes and histone H1-dependent chromatin compaction mediate propaga
越來越多的證據表明，轉錄控制和染色質活性在很大程度上涉及調節類的RNA，這可能會產生特定的RNA結合蛋白（RBPs）。盡管多個RBP與轉錄控制有關，但目前尚不清楚RBP如何直接作用于染色質。 2019年6月27日，加州大學圣地亞哥分校付向東及武漢大學醫學研究院肖銳共同通訊在Cell 在線發表題
作為染色質的基本單元，核小體由大約147 bp的DNA和組蛋白八聚體（H2A, H2B, H3和H4）組成。核小體的動態定位和折疊組織會產生兩種不同的染色質狀態：“開放”（open）和“閉合”（closed）。核小體的定位和染色質狀態的動態變化對以DNA為模板的生物學過程（比如，轉錄、DNA復制
中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院、生物島實驗室研究員姚紅杰課題組通過系統性篩選在基因組上與CTCF共定位的轉錄因子，鑒定出大量與CTCF存在高共定位率的新轉錄因子，并選取了轉錄因子BHLHE40進行后續的功能驗證，發現BHLHE40可以調控CTCF在基因組上的結合，進而影響其介導的遠
當下生物醫學研究的一個重要特點是技術手段的革新非常快，人類基因組計劃完成后，組學水平的研究使得從整體水平認識生命過程成為可能。美國懷海德生物醫學研究所（Whitehead Institute for Biomedical Research）的Richard A Young博士在這方面——尤其是利
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Se
m6A是真核生物中最常見的一類化學修飾，能夠在多種生物過程中發揮重要作用，包括癌癥發生發展、細胞分化、壓力應答、免疫反應以及神經發育等方面。目前大部分研究主要探究m6A對蛋白編碼基因的調控——即影響mRNA穩定性或翻譯效率。 2020年1月17日，美國芝加哥大學何川，中科院北京基因組研究所
文章導讀 m6A是真核生物中最常見的一類化學修飾，能夠在多種生物過程中發揮重要作用，包括癌癥發生發展、細胞分化、壓力應答、免疫反應以及神經發育等方面。目前大部分研究主要探究m6A對蛋白編碼基因的調控——即影響mRNA穩定性或翻譯效率。 2020年1月17日，美國芝加哥大學何川，中科院
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-S
科學家們在《Journal of Experimental Medicine》上發表報告稱，他們發現了一種基因和蛋白質家族，對免疫系統中成熟且功能完整的T細胞的形成至關重要。這一發現可能有助于為多發性硬化癥(multiple sclerosis)和IBD等免疫疾病帶來新的治療方法。 T細胞是人
染色質免疫共沉淀測序（ChIP-Seq）是指對染色質免疫共沉淀（ChIP）獲得的DNA片段進行大規模測序，并能把所研究蛋白的DNA結合位點精確定位到基因組上。Roche GS FLX Titanium 、Illumina Hiseq2000和AB SOLID 4 這3種測序技術均可以用于ChIP-
m6A是真核生物中最常見的一類化學修飾，能夠在多種生物過程中發揮重要作用，包括癌癥發生發展、細胞分化、壓力應答、免疫反應以及神經發育等方面。目前大部分研究主要探究m6A對蛋白編碼基因的調控——即影響mRNA穩定性或翻譯效率。2020年1月17日，美國芝加哥大學何川，中科院北京基因組研究所韓大力和同濟
細胞命運決定過程的調控機制是哺乳動物胚胎發育研究領域關注的重點。在哺乳動物胚胎發育過程中，具有全能性的合子會依次經過桑椹胚期、囊胚期、原腸胚期等，最終形成能夠發揮完整生物學功能的個體。其中，外、中、內三個胚層形成的原腸運動時期對后續胚胎發育藍圖的構建起著至關重要的作用。 表觀遺傳調控在哺乳早期
2019年8月27日，北京大學分子醫學研究所，北京大學-清華大學生命科學聯合中心研究員何愛彬研究組在Molecular Cell雜志在線發表題為“CoBATCH for high-throughput single-cell epigenomic profiling”的文章，報道了一種新的具有普
“Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推薦文章集合手冊，主要介紹某個生命科學研究領域最新的進展及突出成果。相關特輯內容包括研究論文，評論性文章以及snapshots，涉及了同一領域的方方面面，更為重要的是這些文章由贊助商贊助，可以免費獲取。 蛋白與DNA之間
近日，法國巴黎文理研究大學等科研人員在Nature Genetics上發表了題為“High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer”的文章，利用高通
【51/52】2019年4月4日，清華大學柴繼杰課題組、中科院遺傳發育所周儉民課題組和清華大學王宏偉課題聯合同期背靠背發表兩篇重量級Science文章，完成了植物NLR蛋白復合物的組裝、結構和功能分析，揭示了NLR作用的關鍵分子機制，是植物免疫研究的里程碑事件。兩篇文章分別是： "Li
【50】2019年4月12日，中科院上海藥物所徐華強，王明偉，浙江大學張巖及匹茲堡大學醫學院Jean-Pierre Vilardaga共同通訊在Science發表題為“Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone r
日本九州大學和東京理工學院的科學家們研發了一種使用非常少量的細胞，范圍從100到1000的細胞，來分析DNA-蛋白質相互作用的新技術。他們的方法可以捕獲前所未有的細胞內表觀遺傳組信息，該技術獎促進生物標記的發現并為精準醫學開辟新道路。 這項被稱為染色質整合標記測序（Chromatin Inte
早期研究認為腫瘤中大量擴增的原癌基因存在于染色體上。2017年，來自美國加州大學圣迭戈分校的Paul Mischel教授團隊在Nature雜志上指出，它們是以染色體外DNA（extrachromosomal DNA，ecDNA）的形式存在的，但ecDNA的結構和功能一直缺乏直接的證據。 201
11月17日Cell雜志SnapShot專欄介紹了表觀遺傳研究的檢測方法，這四種方法包括：亞硫酸氫鈉測序法 （bisulfite sequencing）、染色質免疫沉淀測序技術（chromatin immunoprecipiation sequencing）、開放染色質測定（determina
2019年10月8日，美國圣地亞哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl團隊在Cell Reports雜志上發表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcr
生物通報道：2016年11月8日，國際著名期刊《Cell Research》在線發表了北京大學湯富酬、喬杰團隊題為“DNA methylation and chromatin accessibility profiling of mouse and human fetal germ cells”
ATAC-seq最近幾年是比較火的一種測序技術。那ATAC-seq技術到底什么呢？ATAC-seq的全稱是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 運用測序手段研究轉座酶可接近的染色質的一種技術。該技術通過轉座酶對某
ATAC-seq最近幾年是比較火的一種測序技術。那ATAC-seq技術到底什么呢？ATAC-seq的全稱是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 運用測序手段研究轉座酶可接近的染色質的一種技術。該技術通過轉座酶
CD4+輔助T細胞（T help cells, Th）可以分為Th1，Th2，Th17，以及濾泡型輔助T細胞（T follicular helper, Tfh）等不同亞型，Tfh對生發中心形成，輔助B細胞產生高親和力的抗體具有重要作用，表型上來說，Tfh通常高表達趨化因子受體CXCR5，能夠促進
蛋白質和DNA的相互作用是調控細胞反應過程的要素之一。染色質免疫沉淀分析方法（chromatin immunoprecipitation, CHIP）是研究活體內DNA和蛋白質的相互作用的最新最有力的研究工具。CHIP技術通過三大步驟實現：第一，甲醛固定后染色質分離和斷片；第二，運用特異蛋白