華中農業大學最新NatureGenetics文章
來自華中農業大學的研究人員發表了題為“Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual reproduction”文章，以柑橘原始種、野生種和栽培種的基因組為基礎，采用比較基因組、遺傳學和轉錄組等方法解析了柑橘“多胚”形成的分子基礎，鎖定了關鍵基因CitRWP。 這一研究成果公布在4月10日的Nature Genetics雜志上，文章的通訊作者是華中農業大學徐強教授，第一作者為博士生王霞、徐遠濤、張斯淇及西南大學曹立副研究員。 種子由多到少、由大到小，以及生殖模式由單胚到多胚的轉換是柑橘“原始-野生-栽培”過程中最明顯的演化規律之一。絕大多數植物的胚由受精卵發育而來，而柑橘珠心組織的體細胞也可發育成胚，叫做珠心胚。大多數柑橘品種一粒種子可產生2-10個珠心胚，進而萌發成多棵珠心苗，稱之為多胚性。柑......閱讀全文
測序牛人發布蛋白單分子測序技術
人類生命的藍圖是三十億堿基對組成的人類基因組。而DNA編碼的蛋白質是幾乎所有生命過程的主要執行者。 現在，美國亞利桑納州立大學Biodesign研究所的Stuart Lindsay及其同事，在納米孔DNA測序技術的基礎上，開發了能夠精確鑒定氨基酸的蛋白單分子測序技術。這一技術不僅可以用
單分子測序：基因測序不再遙不可及
如果說二代測序的使命是使成本降低到1000美元/基因組的話，那么三代測序的使命就是使成本降低到100美元/基因組，進一步促進測序發展為臨床的常規檢測技術，在臨床診療上發揮更大的作用。 在年初的J.P.Morgan健康醫療大會上，美國基因測序公司Illumina宣布將創建一個新公司——Grail
全新測序技術利弊比較之單分子測序
在去年召開的美國微生物學會上，來自明斯特大學的醫學微生物學家Dag Harmsen開始聽到了有關德國大腸桿菌疫情爆發的傳言，這場疫情首先在德國北部地區爆發，感染了至少4000人，奪去了超過50人的生命(德國范圍內)，在德國以外的歐洲地區也發現了76名患者。 Harmsen教授在這場疫情
單分子測序：基因測序不再遙不可及
在年初的J.P.Morgan健康醫療大會上，美國基因測序公司Illumina宣布將創建一個新公司——Grail，致力于開發一種不超過1000美元的血液檢測，用于多類型癌癥的早期篩查。這種腫瘤DNA測序的主要目的是在無癥狀的個體中診斷各種各樣的癌癥，從而實現提前預防或治療。 隨著技術的不斷進步，
單分子測序：基因測序不再遙不可及
如果說二代測序的使命是使成本降低到1000美元/基因組的話，那么三代測序的使命就是使成本降低到100美元/基因組，進一步促進測序發展為臨床的常規檢測技術，在臨床診療上發揮更大的作用。在年初的J.P.Morgan健康醫療大會上，美國基因測序公司Illumina宣布將創建一個新公司——Grail，致力于
Pacific－Biosciences－單分子實時測序
Pacific Biosciences單分子實時測序 Pacific Biosciences單分子實時（SMRT）測序使用特殊的環接頭，通過鏈置換擴增（SDA）或多置換擴增（MDA）從dsDNA片段中生成ssDNA，其基于滾動環擴增（RCA）。然后通過DNA聚合酶加入具有熒光磷酸基團（而不是熒光含氮
帶您了解單分子測序技術
單分子測序技術，也被稱為納米測序技術，是通過納米孔只允許一條鏈進入的方式，根據堿基的熒光或者電流阻斷來識別堿基序列的一種新型測序技術。這種技術包括PacBio技術和Nanopore技術兩種主要方法。 PacBio技術主要是利用熒光標記不同的堿基與待測序列、DNA聚合酶一起放入納米孔底部。當DN
PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長速度
單分子測序公司Nabsys被曝已關門
據美國媒體GoLocalProv報道，單分子DNA測序公司Nabsys已關門，它位于普羅維登斯的工廠已關閉。據其他媒體透露，Nabsys的電話無人接聽，發給公司各個官員的電子郵件也無人回復。 Nabsys的平臺使用固態納米檢測儀來分析單個DNA分子，揭示長距離內DNA序列的位置和身份，適合基因
Nature子刊：蛋白單分子測序技術問世
最近，美國學者在納米孔DNA測序技術的基礎上，開發了能夠精確鑒定氨基酸的蛋白單分子測序技術。這一技術不僅可以用來在臨床上測序蛋白質和檢測新生物指標，還有望給醫療領域帶來徹底的改變，在單分子水平上精確監控患者對治療的應答情況??????? 人類生命的藍圖是三十億堿基對組成的人類基因組。而DNA編碼的蛋
單分子測序推動復雜動植物的研究
Pacific Biosciences公司近日風光無限，發布了新系統，帶動股價大漲。同時，它的單分子實時（SMRT）測序技術也助力了多個植物和動物基因組的研究。這些成果近期發表在多個期刊上，展現了SMRT測序的獨特魅力。 最新一期的《Nature》雜志發表了Oropetium thomaeum
單分子測序輕松升級參考基因組
現代基因組學的最大需求之一，就是得到人類和模式生物的高質量完成基因組。目前，人們利用二代測序技術對越來越多的物種(從原核生物到真核生物)進行了基因組測序，取得了許多重要的研究成果。 不過大部分物種的基因組還中存在有大量的缺口gap，就目前的數據來說，各種已測序物種的基因組中缺口gap所占的
5000bp！單分子測序讀長再次升級
PacBio RS單分子測序在發布時就以其超長的讀長引起研究者的極大興趣。在不到一年的時間里，隨著年初C2試劑的升級，Pacbio RS的平均讀長達到了3000bp，并迅速在測序的各個領域，特別是De novo中發揮了巨大的讀長優勢。Pacific Biosciences公司在11月6日
Nature子刊：單分子測序揭示鸚鵡模仿能力
研究團隊通過單分子測序揭示了鸚鵡基因組的特殊區域，并采用第二代測序技術對單分子測序數據進行了修正。文章發表在7月1日Nature Biotechnology雜志網站上。 如今單分子測序技術炙手可熱，這一新技術能生成超長的測序讀段，“能更容易拼裝基因組的復雜部分，”文章的共同作者Duke
單分子實時測序技術的三大優勢
Biosciences的單分子實時測序技術(SMRT)因其出色的讀長而引人注目。然而，因通量較低，且一直被錯誤率高的流言所困擾，SMRT技術似乎有些被忽視。近日，幾位著名科學家在《Genome Biology》雜志上發表文章，試圖消除這些誤解，為SMRT正名。 這篇文章的通訊
關于單分子測序技術—第三代測序技術的特點介紹
1、第三代測序技術實現了DNA聚合酶內在自身的反應速度，一秒可以測10個堿基，測序速度是化學法測序的2萬倍。 2、第三代測序技術實現了DNA聚合酶內在自身的延續性，一個反應就可以測非常長的序列。二代測序可以測到上百個堿基，但是三代測序就可以測幾千個堿基。 3、第三代測序技術的精度非常高，達到
第三代測序技術：PacBio單分子測序最新科研動態
DNA基因測序技術從上世紀70年代起，歷經三代技術后，目前已發展成為一項相對成熟的生物產業。測序技術的應用也擴展到了生物、醫學、制藥、健康、農林、園藝、花卉、環保、法醫等許多領域，并成為一項與我們衣食住行密切相關的高技術產業。據最新統計，2012年全球基因測序市場的產值已超過百億，按最近幾年增長
關于單分子測序技術—第三代測序技術的原理介紹
第三代測序技術原理主要分為兩大技術陣營： 第一大陣營是單分子熒光測序，代表性的技術為美國螺旋生物(Helicos)的SMS技術和美國太平洋生物(Pacific Bioscience)的SMRT技術。脫氧核苷酸用熒光標記，顯微鏡可以實時記錄熒光的強度變化。當熒光標記的脫氧核苷酸被摻入DNA鏈的時
簡述單分子測序技術—第三代測序技術的基因組測序應用
由于具有讀長長的特點，SMRT測序平臺在基因組測序中能降低測序后的Contig數量，明顯減少后續的基因組拼接和注釋的工作量，節省大量的時間[25]。Christophern等[26]僅僅用0.5*的Pacbio RS系統長度的數據與38*的二代測序(NGS)的測序數據，對馬達加斯加的一種指猴基因
單分子測序助力細菌甲基化組的分析
New England Biolabs聯合Pacific Biosciences的研究人員利用PacBio RS系統對6種細菌基因組進行了重測序，不僅鑒定出細菌基因組中新的胞嘧啶和腺嘌呤甲基化位點，還鑒定出介導這些表觀遺傳學標志的甲基轉移酶。該研究成果近日發表在《Nucleic Acid
Cell：單分子測序揭示驚人的基因組重排
科學家們發現，生活在池塘里的單細胞生物Oxytricha trifallax有一種非凡的能力，它們能在交配時將DNA打碎并快速重排這些片段。這項研究發表在上一期的Cell雜志上。 Oxytricha的基因重排是一個非常精密的過程，“這是大自然早期一種的復雜化嘗試，”文章的資深作者，Prince
Nature子刊：新技術攻克單分子測序大問題
來自冷泉港實驗室(CSHL)的一位定量生物學家及同事們開發出了一種混合錯誤校正新方法攻克了單分子測序的重大問題，可將長讀(long reads)的準確度提高到99.9%。這一研究成果發布在7月1日的《自然生物技術》(Nature Biotechnology)雜志上。 領導這一研究的是冷
Cell：單分子測序揭示驚人的基因組重排
科學家們發現，生活在池塘里的單細胞生物Oxytricha trifallax有一種非凡的能力，它們能在交配時將DNA打碎并快速重排這些片段。這項研究發表在上一期的Cell雜志上。 Oxytricha的基因重排是一個非常精密的過程，“這是大自然早期一種的復雜化嘗試，”文章的資深作者，Prince
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
－微滴單分子測序儀：設備成本僅1萬美金
今年年初，以劍橋大學為依托的Base4公司宣布他們成功利用微滴中包裹的核苷酸熒光級聯反應技術清楚的分辨出每個堿基的類型。 每一個核苷酸包裹在一個微滴中，每個微滴按照順序放在每個小的微孔中，大大的增加微孔的數量，即可進行大規模測序。去年該公司和日立公司進行合作，通過固態的納米系統直接讀取堿基產生
《科學》：新型單分子DNA測序儀研制成功
新發現朝1000美元/人的宏偉基因組測序計劃邁近了堅實一步 美國Helicos BioSciences公司研究人員近日稱，他們開發出了一種新型的測序設備——單分子DNA測序儀(single-molecule DNA sequencers)。該儀器能夠“閱讀”單分子DNA的單個堿基。相關研究文章發表
單分子測序揭示艾滋病毒可變剪切新模式
最新一期Nucleic Acids Research上發表了一篇利用PacBio單分子測序方法對HIV-1病毒轉錄組可變剪切模式的研究。HIV-1病毒是一種典型的RNA病毒，其基因組比目前已知的任何一種病毒基因組都復雜。HIV-1只有一個轉錄起始位點，卻有多種剪切異構體，是研究可變剪切的一種
單分子測序在腫瘤基因檢測中的6大應用
腫瘤是當今導致人類主要死亡的主要疾病之。由于其發病隱匿、治療方法局限、多數預后不良,且分子生物學特征復雜多變,因而腫瘤的預防、早期篩查與診斷、臨床治療、預后評估一直是臨床醫生致力于解決的關鍵問題。隨著現代醫學技術的發展,腫瘤已經進人了個體化治療階段。腫瘤的基因組轉錄組和表觀遺傳特征在探究腫瘤的發
測序技術再現新進展，已開發基于單分子測序平臺的單細胞多組學測序技術
單細胞多組學測序技術是指對一個單細胞同時檢測多個組學層面（例如基因組、表觀基因組和轉錄組）的測序技術。這類技術可以更系統、全面地探索細胞異質性以及同一個細胞內的不同組學層面之間的互動關系，有利于更深入地解析復雜的生理、病理過程中細胞類型特異性的分子調控機制1, 2。2019年，Nature Me